.netで他アプリを最小化したい

Question

.netのアプリケーションで、別プロセスであるc#の表示中の画面を最小化したいと思ってます。
そこで、showWindow関数やsendMessage関数によるプロセス間通信といった、API関数で試しました。
すると、どちらもvisual basicによるデバッグ実行中なら最小化は可能でした。しかし、デバッグ中以外で実行ファイル起動中だと、最小化できません。トレースログすらでないので、そもそもset Messageなどが渡ってないんじゃないかと思ってます。
色々調べたのですがお手上げです。
何かしら原因や対策をご存知の方がおられましたら、ご教示ください。

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