先程は早合点しましたので、修正します。
urlが無い時のみitem.wordIDを表示するようui:fragmentを追加してはどうでしょうか。
HTML
1 省略
2 <ui:fragment rendered="#{item.wordID == item.wordID}">
3 <ui:fragment rendered="#{item.wordID == item2.urlID}">
4 <h:link outcome="#{item2.url}" value="#{item.word}" />
5 </ui:fragment>
6 <ui:fragment rendered="#{item.wordID != item2.urlID}">
7 #{item.word}
8 </ui:fragment>
9 </ui:fragment>
10省略
あと気づいた点ですが、<ui:fragment rendered="#{item.wordID == item.wordID}">
の条件は必ずtrueになるかと思います。またitem.wordIDが数値型で有れば問題ないですが、Stringであればequalsメソッドの使用が適切かと思います。