それだけの情報では正確な原因は誰も分かりません.
なので想像するしかありませんので, あくまで推測なのですが...
同じ IDE でも, ファイルシステム上の構造をそのままプロジェクトのツリー構造とし, ディレクトリ内のファイルをそのままプロジェクトのファイルとするタイプもあれば,
ファイルシステムとは別にプロジェクト内のファイルのリストを持ち, そこへ登録されたファイルのみがプロジェクトのファイルとして, ツリー構造もファイルシステム上の構造ではなくそのファイルリストに記載されたように展開するというタイプもあります.
Eclipse, IntelliJ IDEA などは主に前者, Visual Studio などは主に後者で Xcode も後者のパターンです.
「同じフォルダに入れたからプロジェクトナビゲータに表示されるはず」と思っていませんでしょうか?
Xcode はそうではなくプロジェクトファイルにファイルリストを持つタイプなので追加してやる必要があります.
もしプロジェクトへファイルを追加していないのであれば, まずプロジェクトを開きましょう.
Xcode ではプロジェクトナビゲータへドラッグ&ドロップする, または右クリックやcontrol+クリックのメニューやメインメニューの「File」にある「Add Files to 【プロジェクト名】...」などからファイルを追加できるはずです.