表題のとおり4,000件の301リダイレクトを行いたいのですが、htaccessに4000件?記載すれば問題なくできますでしょうか?
リダイレクト対象が4000件あり、その全てを.htaccessにそれぞれ記載してリダイレクトを行いたいもの という認識で回答します。
回答
リダイレクトの処理の機能自体は問題無く動くはずです。
パフォーマンスについては遅くなるかもしれませんが、我慢できる遅さかどうかはやってみないとわかりません。
参考.htaccessに2000行書くとApacheの処理が何秒遅くなるか測ってみた
4000のリダイレクト対象が完璧にチェックできる&一回こっきりなのであれば、4000行書いてしまうのも悪くないかと思います。
(パフォーマンス的には.htaccessよりApacheのconfに記述する方がよろしいかとは思います。)
一方で、4000のURLに規則性があるのであれば、ワイルドカードや正規表現で指定すれば規則性の数の行数で記述できる可能性が高いです。
この場合、見落としていたURLがあっても規則性さえ同じなら勝手にリダイレクトが働いてくれるなどのメリットがあるので、正規表現を書ける状態にあるのであればこの方向を検討しても良いかもしれません。