特定行を置き換えたい

Question

REMARK 1
REMARK
ATOM 1
ATOM 3
END

ATOM 4
ATOM 2

file1のATOMの行をfile2のATOMの行に置換して

REMARK 1
REMARK
ATOM 4
ATOM 2
END

のようなファイルを作りたいです。

path = file1
f = open(path)
list = f.readlines()
f.close()

path2 = file2
f2 = open(path2)
list2 = f2.readlines()
f2.close()

for line in list:
   if line.startswith("ATOM "):
      for line2 in list2:
          fileobj = open("file3","a")
          print >> fileobj, line2.rstrip()
          fileobj.close()
   else:
     fileobj = open("file3","a")
     print >> fileobj, line.rstrip()
     fileobj.close()

というコードを組んでみたのですが、うまくいきません。

file1とfile2の"REMARK"や"ATOM"から始まる行の数は一定ではありません。

どなたかご教示お願いします。

Answer 1

下記手順でどうでしょうか？

1.file2から｢ATOM｣で始まる行のリストを作る。
2.1のリストの中身があるときは、file1を行毎に調べて｢ATOM｣で始まる行であれば、1のリストから順に置き換える。
3.置き換えを実施した場合は、結果をファイルに出力する。

Comments

[退会済みユーザー]

ありがとうございます！
よく考えるとその前に行っていた処理を変えることでよりシンプルにできることに気づいたので、前の処理を変えて解決しました。
しかし、教えていただいた考え方はとても役立ちました。