解決しないので、StackoverflowにPOSTします。
マルチポストとなりますが、teratailの機能的に削除申請できませんでしたので、ご了承いただけると幸いです。

やりたこと

parceljsでJSとCSSの出力先フォルダを分けたい。

環境

yarn 1.10.0
parcelJS 1.12.4
laravel6
Wndows10

やったこと

leafletを利用する際に、

yarn add leaflet

とし、node_modules配下に追加します。

そして、resources/css/leaflet/leaflet.jsというファイルに以下のコードを書きます。

import 'leaflet/dist/leaflet.css';
let L = require('leaflet');

その後、

yarn dev

を実行し、コンパイルを行いました。
そのときのpachage.jsonが以下になります。

{
"scripts": {
    "dev": "yarn cache clean && parcel watch --no-source-maps ./resources/js/* -d ./public/js/",
    "build": "parcel build <your entry file>"
  },
  "devDependencies": {
    "parcel-bundler": "^1.12.4"
  },
  "dependencies": {
    "leaflet": "^1.5.1"
  }
}

すると、/public/js/配下に.jsファイル、.cssファイル、いくつかの画像ファイルが出力されてしまいました。
画像が必要なCSSな以上、CSSファイルの同階層に画像ファイルが出力されることは仕方ないと思いますが、
せめてフォルダを分けたいと思うので、以下のようにpachage.jsonを変更してみました。

{
"scripts": {
    "dev": "yarn cache clean && parcel watch --no-source-maps ./resources/js/* -d ./public/js/ && parcel watch ./resources/css/* -d ./public/css/",
    "build": "parcel build <your entry file>"
  },
  "devDependencies": {
    "parcel-bundler": "^1.12.4"
  },
  "dependencies": {
    "leaflet": "^1.5.1"
  }
}

そして、resources/css/leaflet.jsを追加します。