mysqldumpによるバックアップで正しいかと思います。バックアップの際にサービス(DB更新処理)を停止していれば、バックアップ時点までのリストアは可能です。また前提としては、
・バックアップが正常終了していること。ハードウェア障害などで失敗していないこと。
・リストア時はハードウェアは正常動作し、mysqlも正常動作していること。
見つけたコンテンツですが、テスト環境などで事前にお試しになった方が良いかと思います。
5.5のマニュアル(英語)
4.1のマニュアル(日本語)
また、データフォルダのコピーは安全なバックアップにはなり得ません。DB起動中はデータファイルはオープンのままです。データの追加・更新に伴うファイル更新には、バッファ(メモリー)を介するのでオープン状態のファイルには反映されていない可能性が有ります。なので退避したファイルは不完全・不整合の可能性が高く、リストアしてもデータ漏れや最悪はDBに接続できなくなる可能性が有ります。
バッドをするには、ログインかつ
こちらの条件を満たす必要があります。