picard-tools, command not found

Question

picard-toolsを以下のようにインストールしました。

brew install picard-tools

以下のサイトを参考にしてPCR deduplicateを実施しました。
https://github.com/suimye/NGS_handson2015/wiki/NGSデータの準備とmapping

picard-tools MarkDuplicates INPUT=sample.uq.sort.bam OUTPUT=sample.uq.sort.drm.bam METRICS_FILE=sample.uq.sort.metrics AS=true REMOVE_DUPLICATES=true VALIDATION_STRINGENCY=SILENT

しかし、以下のエラーがでました。

-bash: picard-tools: command not found

もう一度インストールし直すと

Warning: picard-tools 2.21.1 is already installed and up-to-date
To reinstall 2.21.1, run `brew reinstall picard-tools`

と出るので、インストールはできているようです。
解決方法を探して以下のサイトにたどり着きました。
https://qiita.com/iwaseasahi/items/6e00883ccd0864ede17e
そこで以下ようにpicard-toolsの場所を探しました。

which -a picard-tools

しかし、何も表示されませんでした。
どうすればpicard-toolsを使えるようになりますか？

Answer 1

brewのpicard-toolsは

https://github.com/Homebrew/homebrew-core/blob/master/Formula/picard-tools.rb

を見ると

https://github.com/broadinstitute/picard

をpicardというコマンドでインストールするみたいですね。
あとは使いたいものと合っているかでしょうか。

Comments

[shimiken]

ありがとうございます。
確認したところ、picard-toolsではなくて、picardがインストールされていました。

///
picard MarkDuplicates INPUT=....
///
としたら実行できました。
助かりました。