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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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【R言語】Heatmapを作成したい

uomaru

総合スコア15

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2019/10/04 10:38

R言語の"ggplot2"を用いてヒートマップを作成したいと考えています。

以下のサイトを参考に書いてみたのですが、最終的に「エラー: Discrete value supplied to continuous scale」というエラーが出てしまいます。

参考にさせていただいたサイト:http://tomoshige-n.hatenablog.com/entry/2014/08/15/235510

どのような間違いなのか、一度コードを確認していただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。


csvファイルの一部
|name|calc_energy|calc_entropy|・・・
|:--:|:--:|--:|
|peach01|134738.4137|7.121549633|
|peach02|48271.76506|7.125320972|

コード

R

1data <- read.table("test.csv", header=TRUE) 2data <- as.matrix(data) 3head(data)

表示されるもの

   name.calc_energy.calc_entropy. ・・・ [1,] "peach01,134738.4137,7.121549633, [2,] "peach02,48271.76506,7.125320972, :

コード

R

1library(ggplot2) 2library(reshape2) 3library(ggthemes) 4data2 = melt(data, id.vars = name, measure.vars = c("calc_energy"), variable.name = "feature", value.name = "value") 5head(data2)

表示されるもの

 Var1 Var2                   Var3 1  1 name.calc_energy.calc_entropy・・・  peach01, 134738.4137,7.121549633・・・ 2  2 name.calc_energy.calc_entropy・・・  peach02, 48271.76506,7.125320972・・・ : :

コード

R

1(p<-ggplot(data2, aes(as.factor(Var1), as.factor(Var2)))+geom_tile(aes(fill=value))+scale_fill_gradient(low="white",high="red"))

エラー: Discrete value supplied to continuous scale

長くなり申し訳ありません。よろしくお願いします。

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ベストアンサー

read.tableで正しくデータを読み込めていないように見えるのですが、
read.csvに変更してみてはいかがでしょうか?

投稿2019/10/04 12:24

gnbrganchan

総合スコア438

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