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Perlは多目的に使用される実用性が高い動的プログラミング言語のひとつです。

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Perl:配列の最初と最後の値のみを表示したい。

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Perl

Perlは多目的に使用される実用性が高い動的プログラミング言語のひとつです。

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投稿2019/09/30 10:04

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実現したいこと

一つのアラインメントに対して、読み込みファイルから配列@query_posへ、Query(アミノ酸配列)のポジションをpushする。
アラインメントが終わるごとに、@query_posを初期化し、同様にQueryのポジションをpushし、それぞれのアラインメントについて
配列@query_posの最初と最後の値を表示したい。
下の結果の場合、24と548、613と782を表示したい。

※アラインメント...2つの文字列を並べること

プログラムの結果(一例)

Query= sp|P49021|TIM_DROME Protein timeless OS=Drosophila melanogaster

Sbjct > NT_033779.5 Drosophila melanogaster chromosome 2L

Score = 833 bits (2151), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 517/544 (95%), Positives = 518/544 (95%), Gaps = 22/544 (4%)
Frame = -1

Query  24       TYVVNPNALAILEEINYKLTYEDQTLRTFRRAIGFGQNVRSDLIPLLENAKDDAVLESVI  83
Query  84       RILVNLTVPVECLFSVDVMYRTDVGRHTIFELNKLLYTSKEAFTEARSTKSVVEYMKHIL  143
Query  144      ESDPKLSPHKCDQinncllllrnilhiPETHAHCVMPMMQSMPHGISMQNTILWNLFIQS  203
Query  204      IDKLLLYLMTCPQRAFWGVTMVQLIALIYKDQHVSTLQKLLSLWFeaslsessednesnt  263
Query  264      sPPKQGSGDsspmltsdptsdssdngsngrgmgggmregtAATLQEVSRKGQEYQNAMAR  323
Query  324      VPADKPDGSEEASDMTGNDSEQPGSPEQSQPAGESMDDGDYEDQRHRQLNEHGeededed  383
Query  384      e-------------------veeeeYLQLGPASEPLNLTQQPADKVNNTTNPTSSAPQGC  424
Query  425      LGNEPFKPPPPLPVRASTSAHAQMQKFNESSYASHVSAVKLGQKSPHAGQLQLTKGKCCP  484
Query  485      QKRECPSSQSELSDCGYGTQVENQESISTSSNDDDgpqgkpqhqkppCNTKPRNKPRTIM  544
Query  545      SPMD  548

Score = 321 bits (822), Expect = 2e-88, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 170/170 (100%), Positives = 170/170 (100%), Gaps = 0/170 (0%)
Frame = -3

Query  613      KVPIDTSHFFWLVTYFLKFAAQLELDMEHIDTILTYDVLSYLTYEGVSLCEQLELNARQE  672
Query  673      GSDLKPYLRRMHLVVTAIREFLQAIDTYNKVTHLNEDDKAHLRQLQLQISEMSDlrclfv  732
Query  733      lllrrfNPSIHSKQYLQDLVVTNHILLLILDSSAKLGGCQTIRLSEHITQ  782

...
...

ソースコード

Perl
1#!/usr/bin/perl
2use strict;
3use warnings;
4
5my @query_pos;
6
7open(FH, '<', $ARGV[0]) or die 'Cannot open file: $!';
8
9while (my $buff = <FH>) {
10    chomp $buff;
11    print $&.$',"\n" if ($buff =~ /^Query=/);
12    print "\nSbjct ",$&.$',"\n" if ($buff =~ /^>/);
13    print "\n",$&.$',"\n" if ($buff =~ /^ Score =/);
14    print $&.$',"\n" if ($buff =~ /^ Identities =/);
15    print $&.$',"\n\n" if ($buff =~ /^ Frame =/);
16    if ($buff =~ /Query\s+(\d+)\s+[a-zA-Z-]+\s+(\d+)/) {
17        push(@query_pos, $1, $2);
18        print "\t",$&,"\n";
19    }
20}

読み込みファイル

result_tim_fly.txt

TBLASTN 2.8.1+


Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.
Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.



Database: User specified sequence set (Input:
GCF_000001215.4_Release_6_plus_ISO1_MT_genomic.fna).
           1,870 sequences; 143,726,002 total letters



Query= sp|P49021|TIM_DROME Protein timeless OS=Drosophila melanogaster
OX=7227 GN=tim PE=1 SV=3

Length=1398
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  NT_033779.5 Drosophila melanogaster chromosome 2L                   833     0.0  
  NT_033778.4 Drosophila melanogaster chromosome 2R                   35.0    1.9  


> NT_033779.5 Drosophila melanogaster chromosome 2L
Length=23513712

 Score = 833 bits (2151),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 517/544 (95%), Positives = 518/544 (95%), Gaps = 22/544 (4%)
 Frame = -1

Query  24       TYVVNPNALAILEEINYKLTYEDQTLRTFRRAIGFGQNVRSDLIPLLENAKDDAVLESVI  83
                TY  +P   AILEEINYKLTYEDQTLRTFRRAIGFGQNVRSDLIPLLENAKDDAVLESVI
Sbjct  3504318  TYFQSP---AILEEINYKLTYEDQTLRTFRRAIGFGQNVRSDLIPLLENAKDDAVLESVI  3504148

Query  84       RILVNLTVPVECLFSVDVMYRTDVGRHTIFELNKLLYTSKEAFTEARSTKSVVEYMKHIL  143
                RILVNLTVPVECLFSVDVMYRTDVGRHTIFELNKLLYTSKEAFTEARSTKSVVEYMKHIL
Sbjct  3504147  RILVNLTVPVECLFSVDVMYRTDVGRHTIFELNKLLYTSKEAFTEARSTKSVVEYMKHIL  3503968

Query  144      ESDPKLSPHKCDQinncllllrnilhiPETHAHCVMPMMQSMPHGISMQNTILWNLFIQS  203
                ESDPKLSPHKCDQINNCLLLLRNILHIPETHAHCVMPMMQSMPHGISMQNTILWNLFIQS
Sbjct  3503967  ESDPKLSPHKCDQINNCLLLLRNILHIPETHAHCVMPMMQSMPHGISMQNTILWNLFIQS  3503788

Query  204      IDKLLLYLMTCPQRAFWGVTMVQLIALIYKDQHVSTLQKLLSLWFeaslsessednesnt  263
                IDKLLLYLMTCPQRAFWGVTMVQLIALIYKDQHVSTLQKLLSLWFEASLSESSEDNESNT
Sbjct  3503787  IDKLLLYLMTCPQRAFWGVTMVQLIALIYKDQHVSTLQKLLSLWFEASLSESSEDNESNT  3503608

Query  264      sPPKQGSGDsspmltsdptsdssdngsngrgmgggmregtAATLQEVSRKGQEYQNAMAR  323
                SPPKQGSGDSSPMLTSDPTSDSSDNGSNGRGMGGGMREGTAATLQEVSRKGQEYQNAMAR
Sbjct  3503607  SPPKQGSGDSSPMLTSDPTSDSSDNGSNGRGMGGGMREGTAATLQEVSRKGQEYQNAMAR  3503428

Query  324      VPADKPDGSEEASDMTGNDSEQPGSPEQSQPAGESMDDGDYEDQRHRQLNEHGeededed  383
                VPADKPDGSEEASDMTGNDSEQPGSPEQSQPAGESMDDGDYEDQRHRQLNEHGEEDEDE 
Sbjct  3503427  VPADKPDGSEEASDMTGNDSEQPGSPEQSQPAGESMDDGDYEDQRHRQLNEHGEEDEDEV  3503248

Query  384      e-------------------veeeeYLQLGPASEPLNLTQQPADKVNNTTNPTSSAPQGC  424
                                    VEEEEYLQLGPASEPLNLTQQPADKVNNTTNPTSSAPQGC
Sbjct  3503247  SFYDQCH*NI*QNIVLFQDEVEEEEYLQLGPASEPLNLTQQPADKVNNTTNPTSSAPQGC  3503068

Query  425      LGNEPFKPPPPLPVRASTSAHAQMQKFNESSYASHVSAVKLGQKSPHAGQLQLTKGKCCP  484
                LGNEPFKPPPPLPVRASTSAHAQMQKFNESSYASHVSAVKLGQKSPHAGQLQLTKGKCCP
Sbjct  3503067  LGNEPFKPPPPLPVRASTSAHAQMQKFNESSYASHVSAVKLGQKSPHAGQLQLTKGKCCP  3502888

Query  485      QKRECPSSQSELSDCGYGTQVENQESISTSSNDDDgpqgkpqhqkppCNTKPRNKPRTIM  544
                QKRECPSSQSELSDCGYGTQVENQESISTSSNDDDGPQGKPQHQKPPCNTKPRNKPRTIM
Sbjct  3502887  QKRECPSSQSELSDCGYGTQVENQESISTSSNDDDGPQGKPQHQKPPCNTKPRNKPRTIM  3502708

Query  545      SPMD  548
                SPMD
Sbjct  3502707  SPMD  3502696


 Score = 321 bits (822),  Expect = 2e-88, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 170/170 (100%), Positives = 170/170 (100%), Gaps = 0/170 (0%)
 Frame = -3

Query  613      KVPIDTSHFFWLVTYFLKFAAQLELDMEHIDTILTYDVLSYLTYEGVSLCEQLELNARQE  672
                KVPIDTSHFFWLVTYFLKFAAQLELDMEHIDTILTYDVLSYLTYEGVSLCEQLELNARQE
Sbjct  3502126  KVPIDTSHFFWLVTYFLKFAAQLELDMEHIDTILTYDVLSYLTYEGVSLCEQLELNARQE  3501947

Query  673      GSDLKPYLRRMHLVVTAIREFLQAIDTYNKVTHLNEDDKAHLRQLQLQISEMSDlrclfv  732
                GSDLKPYLRRMHLVVTAIREFLQAIDTYNKVTHLNEDDKAHLRQLQLQISEMSDLRCLFV
Sbjct  3501946  GSDLKPYLRRMHLVVTAIREFLQAIDTYNKVTHLNEDDKAHLRQLQLQISEMSDLRCLFV  3501767

Query  733      lllrrfNPSIHSKQYLQDLVVTNHILLLILDSSAKLGGCQTIRLSEHITQ  782
                LLLRRFNPSIHSKQYLQDLVVTNHILLLILDSSAKLGGCQTIRLSEHITQ
Sbjct  3501766  LLLRRFNPSIHSKQYLQDLVVTNHILLLILDSSAKLGGCQTIRLSEHITQ  3501617


 Score = 257 bits (657),  Expect = 3e-68, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 122/124 (98%), Positives = 122/124 (98%), Gaps = 0/124 (0%)
 Frame = -1

Query  994      ILLDLIIKENKAQHLLWLQRILIECCFVKLTLRSGLKVPEGDHIMEPVAYHCICKQKSIP  1053
                ILLDLIIKENKAQHLLWLQRILIECCFVKLTLRSGLKVPEGDHIMEPVAYHCICKQKSIP
Sbjct  3500361  ILLDLIIKENKAQHLLWLQRILIECCFVKLTLRSGLKVPEGDHIMEPVAYHCICKQKSIP  3500182

Query  1054     VVQWNNEQSTTMLYQPFVLLLHKLGIQLPADAGSIFARIPDYWTPETMYGLAKKLGPLDK  1113
                VVQWNNEQSTTMLYQPFVLLLHKLGIQLPADAGSIFARIPDYWTPETMYGLAKKLGPLDK
Sbjct  3500181  VVQWNNEQSTTMLYQPFVLLLHKLGIQLPADAGSIFARIPDYWTPETMYGLAKKLGPLDK  3500002

Query  1114     LNLK  1117
                  LK
Sbjct  3500001  RELK  3499990

...
...

やってみたこと

下記のコードを追加し、配列@query_posに代入されている値を表示した。

for (my $i=0; $i<$#query_pos; $i++) {
    print "Query\t$query_pos[$i]\n";
}

Query 24
Query 83
Query 84
Query 143
Query 144
Query 203
Query 204
Query 263
Query 264
Query 323
Query 324
Query 383
Query 384
Query 424
Query 425
Query 484
Query 485
Query 544
Query 545
Query 548
Query 613
Query 672
Query 673
Query 732
Query 733
Query 782
Query 994
Query 1053
Query 1054
Query 1113
Query 1114
Query 1117
...
...

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ソースコード修正

Perl
1#!/usr/bin/perl
2use strict;
3use warnings;
4
5my @query_pos;
6my $str_len = 60;
7
8open(FH, '<', $ARGV[0]) or die 'Cannot open file: $!';
9
10while (my $buff = <FH>) {
11    chomp $buff;
12    print $&.$',"\n" if ($buff =~ /^Query=/);
13    print "\nSbjct ",$&.$',"\n",
14	"--------------------------------------------------\n"
15	if ($buff =~ /^>/);
16    print $&.$',"\n" if ($buff =~ /^ Score =/);
17    print $&.$',"\n" if ($buff =~ /^ Identities =/);
18    print $&.$',"\n\n" if ($buff =~ /^ Frame =/);
19    if ($buff =~ /Query\s+(\d+)\s+([a-zA-Z-]+)\s+(\d+)/) {
20        $str_len -= length($2);
21        if (!@query_pos && ($str_len != 0)) {
22            push(@query_pos, $1, $3);
23            print_seqinfo();
24            undef(@query_pos);
25            $str_len = 60;
26        }
27        elsif (!@query_pos) {
28            push(@query_pos, $1);
29        }
30        if (@query_pos) {
31            if ($str_len == 0) {
32                $str_len = 60;
33                next;
34            }
35            elsif ($str_len != 0) {
36                push(@query_pos, $3);
37                print_seqinfo();
38                undef(@query_pos);
39                $str_len = 60;
40            }
41        }
42    }
43}
44
45
46sub len_seq {
47    my ($fst_pos, $lst_pos) = @_;
48    my $subseq_len = $lst_pos - $fst_pos + 1;
49    return $subseq_len;
50}
51
52
53sub print_seqinfo {
54    my $length_seq = len_seq($query_pos[0], $query_pos[-1]);
55    print "\nStart\tEnd\tLength\n";
56    print "$query_pos[0]\t$query_pos[-1]\t$length_seq\n\n";
57    print "--------------------------------------------------\n";
58}

実行結果

Query= sp|P49021|TIM_DROME Protein timeless OS=Drosophila melanogaster

Sbjct > NT_033779.5 Drosophila melanogaster chromosome 2L

--------------------------------------------------
 Score = 833 bits (2151),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 517/544 (95%), Positives = 518/544 (95%), Gaps = 22/544 (4%)
 Frame = -1


Start	End	Length
24	548	525
--------------------------------------------------
 Score = 321 bits (822),  Expect = 2e-88, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 170/170 (100%), Positives = 170/170 (100%), Gaps = 0/170 (0%)
 Frame = -3


Start	End	Length
613	782	170
--------------------------------------------------

...
...

投稿2019/09/30 16:49

編集2019/09/30 17:00
cat_tattu
cat_tattu

総合スコア5

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0

@query_posを初期化

undef @query_pos;

配列@query_posの最初と最後の値を表示したい。

print $query_pos[0], $query_pos[-1], "\n";

投稿2019/09/30 12:24

KojiDoi
KojiDoi

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