Let’s Encryptで複数ドメイン(wwwありなし)の再取得で失敗してしまう

centosは6.4、apacheは2.2.15のサーバーで運用しているxxx.jpとwww.xxx.jpというドメインを、Let’s Encryptをstandaloneモードからwebrootモードへ変更したく、下記のようなコマンドを実行し、ブラウザで証明書の有効期限を確かめたところ、xxx.jpは更新されましたが、www.xxx.jpは更新されませんでした。

certbot-auto certonly --webroot -w /var/www/html/xxx.jp/public -d www.xxx.jp,xxx.jp  --agree-tos --force-renewal -n

そこで、www.xxx.jpだけを再度取得しようと下記を実行したのですが、間違ってxxx.jpの方を入力してしまい再取得してしまいました。

certbot-auto certonly --webroot -w /var/www/html/xxx.jp/public -d xxx.jp --agree-tos --force-renewal -n

その後、www.xxx.jpだけを再度取得し、有効期限は更新されました。

certbot-auto certonly --webroot -w /var/www/html/xxx.jp/public -d www.xxx.jp --agree-tos --force-renewal -n

ところが、certbot-auto certificatesで現状を確かめてみると下記のような状態になっていました。

  Certificate Name: xxx.jp
    Domains: www.xxx.jp xxx.jp
    Expiry Date: 2019-11-30 14:30:24+00:00 (VALID: 89 days)
    Certificate Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp/fullchain.pem
    Private Key Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp/privkey.pem

  Certificate Name: xxx.jp-0001
    Domains: xxx.jp
    Expiry Date: 2019-11-30 14:35:45+00:00 (VALID: 89 days)
    Certificate Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp-0001/fullchain.pem
    Private Key Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp-0001/privkey.pem

  Certificate Name: www.xxx.jp
    Domains: www.xxx.jp
    Expiry Date: 2019-11-30 14:40:31+00:00 (VALID: 89 days)
    Certificate Path: /etc/letsencrypt/live/www.xxx.jp/fullchain.pem
    Private Key Path: /etc/letsencrypt/live/www.xxx.jp/privkey.pem

本来であれば

  Certificate Name: xxx.jp
    Domains: www.xxx.jp xxx.jp
    Expiry Date: 2019-11-30 14:30:24+00:00 (VALID: 89 days)
    Certificate Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp/fullchain.pem
    Private Key Path: /etc/letsencrypt/live/xxx.jp/privkey.pem

これだけが表示されているのが正常だと思うのですが、どこが間違っていたのでしょうか？

また、正常な状態にするのはどのような手順で対応したらよいでしょうか？