ヘッダーメニューのカスタマイズをしたのですが、既存のファイルを編集するのか、jsファイルなりを追加するのかがわからなくて質問させていただきました。
どのようなカスタマイズをしたいのかによります。
既存の挙動を調整したいのであれば既存のファイルに手を入れる必要がありますし、
別途無関係の別の動きを追加したいのであれば自身でファイルを追加するのでも可能です。
(ただ、同じ要素に対するアクションなのであればアチコチに散乱するのは良くないのでまとめたほうが良い)
またWordPressは結構テーマに依存するものという印象です。
実際にどのようなカスタマイズをしたいのか具体的に書かれたうえで、
適用しているテーマ名も提示されるとより的確な回答がつくと思います。