Q&A
def, dataの内容はどうなっていますか？
ちょっとやってみましたがエラーは再現されませんでした。
データフレーム中の3列目の要素がdefと一致する行の2列目と3列目を書き換える関数を作成しました
R
1change.name <- function(def, cname, scname, data = data){ 2 data[data[,3] == def, 2] <- scname 3 data[data[,3] == def, 3] <- cname 4 return(data) 5}
しかし以下のエラーメッセージが出て動作しません
R
1Error in data[data[, 3] == def, 2] <- scname : 2 promise already under evaluation: recursive default argument reference or earlier problems? 3
どうすれば解決できるでしょうか
defは文字列、dataはcsvファイルから読み込んだ以下のようなデータフレームです
Family Scientific.Name Common.Name Ave..Identity
Length:36 Length:36 Length:36 Min. : 99.40
Class :character Class :character Class :character 1st Qu.:100.00
Mode :character Mode :character Mode :character Median :100.00
Mean : 99.96
3rd Qu.:100.00
Max. :100.00
Ave..LOD Water.area Habitat DepthS
Length:36 Length:36 Length:36 Min. : 0.000
Class :character Class :character Class :character 1st Qu.: 0.000
Mode :character Mode :character Mode :character Median : 1.000
Mean : 3.867
3rd Qu.: 5.000
Max. :15.000
NA's :21
DepthD X40.Mizuta.TamaRiver.retry.01_S40_L001
Min. : 3.0 Min. : 0
1st Qu.: 9.0 1st Qu.: 0
Median : 20.0 Median : 0
Mean :121.4 Mean : 246
3rd Qu.:124.0 3rd Qu.: 0
Max. :600.0 Max. :1934
NA's :25
dataはどこまでが1行でどこまでがカラムの区切りはどこでしょうか。できればそのCSVファイルの中身を先頭数行でいいですから教えてください。
あと、cname, scnameはどう定義されていますか。
summaryではわかりにくかったのでstrで出力したものをのせます。
str(data[1:12])
'data.frame': 83 obs. of 12 variables:
$ Family : chr "074_Anguillidae" "095_Engraulidae" "097_Clupeidae" "097_Clupeidae" ...
$ Scientific.Name : chr "Anguilla japonica" "Engraulis japonicus" "Konosirus punctatus" "Sardinella zunasi" ...
$ Common.Name : chr "ウナギ" "カタクチイワシ" "コノシロ" "サッパ" ...
$ Ave..Identity : num 100 100 100 99.8 100 ...
$ Ave..LOD : chr "HIGH" "HIGH" "HIGH" "HIGH" ...
$ Water.area : chr "FBS" "S" "BS" "S" ...
$ Habitat : chr "demersal" "pelagic-neritic" "pelagic-neritic" "pelagic-neritic" ...
$ DepthS : int 1 0 NA 5 NA NA NA NA 5 NA ...
$ DepthD : int 400 400 NA NA NA NA NA NA NA NA ...
$ X01.Mizuta.TamaRiver.51_S1_L001: num 0 0 5299 36 0 ...
$ X02.Mizuta.TamaRiver.52_S2_L001: num 31 0 435 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ X03.Mizuta.TamaRiver.53_S3_L001: num 263 0 0 0 0 0 30 0 22 0 ...
以上のように２、３行目は文字列、関数に入力するcname, scnameはこちらもいずれも文字列にしています。
回答1件
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質問文から取れる情報をもとにテスト用スクリプトを作ってみました。
R
1# test.r 2 3data <- data.frame( 4 Family = c("074_Anguillidae", "095_Engraulidae", "097_Clupeidae", "097_Clupeidae"), 5 Scientific.Name = c("Anguilla japonica", "Engraulis japonicus", "Konosirus punctatus", "Sardinella zunasi"), 6 Common.Name = c("ウナギ", "カタクチイワシ", "コノシロ", "サッパ"), 7 Ave..Identity = c(100, 100, 100, 99.8), 8 Ave..LOD = c("HIGH", "HIGH", "HIGH", "HIGH"), 9 Water.area = c("FBS", "S", "BS", "S"), 10 Habitat = c("demersal", "pelagic-neritic", "pelagic-neritic", "pelagic-neritic"), 11 DepthS = c(1, 0, NA, 5), 12 DepthD = c(400, 400, NA, NA), 13 X01.Mizuta.TamaRiver.51_S1_L001 = c(0, 0, 5299, 36), 14 X02.Mizuta.TamaRiver.52_S2_L001 = c(31, 0, 435, 0), 15 X03.Mizuta.TamaRiver.53_S3_L001 = c(263, 0, 0, 0), 16 stringsAsFactors = F 17) 18 19change.name <- function(def, cname, scname, data = data){ 20 data[data[,3] == def, 2] <- scname 21 data[data[,3] == def, 3] <- cname 22 return(data) 23} 24 25x<-change.name('ウナギ', 'aaa', 'AAA', data=data) 26
やってみましたが、何の問題もなく成功しているように見えます。
> source('test.r') > x Family Scientific.Name Common.Name Ave..Identity Ave..LOD Water.area Habitat DepthS 1 074_Anguillidae AAA aaa 100.0 HIGH FBS demersal 1 2 095_Engraulidae Engraulis japonicus カタクチイワシ 100.0 HIGH S pelagic-neritic 0 3 097_Clupeidae Konosirus punctatus コノシロ 100.0 HIGH BS pelagic-neritic NA 4 097_Clupeidae Sardinella zunasi サッパ 99.8 HIGH S pelagic-neritic 5 DepthD X01.Mizuta.TamaRiver.51_S1_L001 X02.Mizuta.TamaRiver.52_S2_L001 X03.Mizuta.TamaRiver.53_S3_L001 1 400 0 31 263 2 400 0 0 0 3 NA 5299 435 0 4 NA 36 0 0
質問には書いていない関数の呼び出し方に何らかの問題があった可能性しか思いつきません。
投稿2019/08/07 15:07
編集2019/08/07 15:09総合スコア13671
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