electron-builder は main.js がルート直下にあるファイル構成しかビルドできないのでしょうか？

Question

環境 Windows10, Electoron8.5.5, electorn-builder 22.14.13

src ディレクトリ以下に書いたソースを webpack で dist ディレクトリ以下に出力する設定で Electron アプリケーションを作成していました。

app
├─dist
├─node_modules
└─src
    ├─main
    ├─preload
    └─renderer

dist ディレクトリ直下に index.html main.js preload.js renderer.js があります。
問題は、electron-builder は main.js が app ディレクトリ直下にないと main.js だと認識してくれないことです。

dist 以下にmain.js を置いて electoron-builder を起動すると以下のエラーが発生します。
main.js を app 直下に移動させるとこのエラーは発生しません。

D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\asar\asarFileChecker.ts:7
    return new Error(`${messagePrefix} "${relativeFile}" in the "${asarFile}" ${text}`)
           ^
Error: Application entry file "main.js" in the "D:\my\mirror\electron\gakb-jra\__build\win-ia32-unpacked\resources\app.asar" does not exist. Seems like a wrong configuration.
    at error (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\asar\asarFileChecker.ts:7:12)
    at Object.checkFileInArchive (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\asar\asarFileChecker.ts:31:11)
    at WinPackager.checkFileInPackage (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\platformPackager.ts:501:7)
    at WinPackager.sanityCheckPackage (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\platformPackager.ts:549:5)
    at WinPackager.doPack (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\platformPackager.ts:310:5)
    at WinPackager.pack (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\platformPackager.ts:136:5)
    at Packager.doBuild (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\packager.ts:441:9)
    at Object.executeFinally (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\builder-util\src\promise.ts:12:14)
    at Packager._build (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\packager.ts:376:31)
    at Packager.build (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\app-builder-lib\src\packager.ts:337:12)
    at Object.executeFinally (D:\my\mirror\electron\gakb-jra\node_modules\builder-util\src\promise.ts:12:14)

これの回避策はございますか？
なお、electoron-builder に使った build スクリプトは以下になります。
$ node build-win.js で使用します。

const { build } = require('electron-builder');

build({
  config: {
    appId: 'jp.electron.myapp',
    productName: 'myapp',
    directories: {
      output: "__build" // webpack が dist ディレクトリを使っているので変更
    },
    extends: null,
    files: [
      "./main.js", // ルート直下の main.js をビルドさせるときにのみ必要
      "./dist/**/*.js",
      "./dist/index.html",
    ],
    win: {
      target: {
        target: 'zip',
        arch: [
          //'x64',
          'ia32',
        ],
      },
    },
  },
});

Answer 1

dist ディレクトリを . にすることでディレクトリの中身を全て外側に出して resources/app 直下に出させることに成功しました。

//...
    files: [
      {from: "dist", to: "."},
    ],
//...

ちなみに、main.js だけなら package.json の "main" を dist/main.js にするかビルドファイルの設定の extraMetadata を設定することで変更することができます。

    extraMetadata: {
      main: ['./dist/main.js',]
    },

electron-builderのエントリーポイントを変える方法

しかし、main.js の読み取り場所を変えても他のファイル（preload.js、index.html など）を結局 app 直下から読み込もうとするため解決になりませんでした。