もしhtmlファイルとhoge.pdfというファイルをhogeというフォルダに格納しているなら、
<a href="hoge.pdf">だけで大丈夫です。もし、例えば"Afolder"というフォルダに"htmlファイル"と"hoge.pdfを格納したhogeというフォルダ"が入っているなら、
<a href="hoge/hoge.pdf">と書いてください。
このようなURLの書き方を相対参照と言って、そのhtmlファイルの位置からの相対的な位置を書きます。
あるいは、絶対参照といって、http:/から始まるURLの全体を記述する方法もあります。
ここを参考にすると良いかもしれません。
"https://www.marorika.com/entry/href"
"file?"というのはそういう名前のフォルダがあるのですか?
"file"という文字が出てくると、上記の回答のようにサーバーにアップしていない自分のパソコンの中を参照している記述のように見えます。