Rでの"sem"パッケージの利用方法

前提・実現したいこと

Rで"sem"パッケージを利用したいのですが、エラーが起きて使えません。

発生している問題・エラーメッセージ

"sem"パッケージをインストール後、"library(sem)"で以下のエラーが発生します。

> library(sem)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
   ‘arm’ という名前のパッケージはありません 
 エラー:  ‘sem’ に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

該当のソースコード

ソースコード

試したこと

他サイトを見て、インストール時に依存パッケージを含めたり、インストール場所を変えたりしてみたのですが、"library(sem)で毎回この表示になってしまいます。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

・使用PC...Mac

・パッケージのダウンロード先...
/var/folders/nb/xvh21g956d54v_bv7dh90knw0000gn/T//RtmpoLFhOi/downloaded_packages

・以下のコードの通り、psyパッケージとsemパッケージのインストール先は同じなのに、library(psy)は成功するのにlibrary(sem)は失敗してしまいます。

> find.package("psy")
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/psy"
> library(psy)
> find.package("sem")
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/sem"
> library(sem)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
   ‘arm’ という名前のパッケージはありません 
 エラー:  ‘sem’ に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

行動規範の内容に同意します

回答1件

‘arm’ という名前のパッケージはありません
とでているので、armを追加インストールすればいいのではないでしょうか。

投稿2019/05/03 04:26

KojiDoi

総合スコア13727

hiyokorunner

2019/05/04 00:49

ご回答ありがとうございます。 armをインストールしてみたのですが、結果が変わりません。。 > install.packages("arm") ・・・(略) ダウンロードされたパッケージは、以下にあります ‘/private/var/folders/nb/xvh21g956d54v_bv7dh90knw0000gn/T/Rtmp1G5FzD/downloaded_packages’ ・・・(略) > library(arm) library(arm) でエラー: ‘arm’ という名前のパッケージはありません > library(sem) Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : ‘arm’ という名前のパッケージはありませんエラー: ‘sem’ に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

KojiDoi

2019/05/04 04:19

パッケージがダウンロードできていることとインストールできていることは違います。（略）のところに何かエラーメッセージが出ているはずです。読み飛ばさずにしっかりチェックしてください。

hiyokorunner

2019/05/04 10:10

ありがとうございます。確かにコードを見てみると、エラーがあるようです。以下のエラーが連発しております。 ------------------------------------------------------------------------------------- xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun -------------------------------------------------------------------------------- > install.packages("arm") パッケージを ‘/Users/***/Library/R/3.3/library’ 中にインストールします (‘lib’ が指定されていないため) 依存対象 (dependency) ‘nloptr’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’, ‘lme4’ もインストールします利用できるバイナリー版がありますがソース版は後者です: binary source needs_compilation nloptr 1.0.4 1.2.1 TRUE Rcpp 0.12.14 1.0.1 TRUE RcppEigen 0.3.3.3.1 0.3.3.5.0 TRUE lme4 1.1-15 1.1-21 TRUE arm 1.9-3 1.10-1 FALSE パッケージのソースからインストールを行いますか? (コンパイルが必要です) y/n: y ソースパッケージ ‘nloptr’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’, ‘lme4’, ‘arm’ をインストール中です URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/nloptr_1.2.1.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 2448313 bytes (2.3 MB) ================================================== downloaded 2.3 MB URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/Rcpp_1.0.1.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 3661123 bytes (3.5 MB) ================================================== downloaded 3.5 MB URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/RcppEigen_0.3.3.5.0.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 1633859 bytes (1.6 MB) ================================================== downloaded 1.6 MB URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/lme4_1.1-21.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 4124154 bytes (3.9 MB) ================================================== downloaded 3.9 MB URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/arm_1.10-1.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 78301 bytes (76 KB) ================================================== downloaded 76 KB ・・・

hiyokorunner

2019/05/04 10:10

strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告がありました: unknown timezone 'zone/tz/2019a.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' * installing *source* package ‘nloptr’ ... ** パッケージ ‘nloptr’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun checking for g++... g++ checking whether the C++ compiler works... no configure: error: in `/private/var/folders/nb/xvh21g956d54v_bv7dh90knw0000gn/T/RtmpEBfcG7/R.INSTALL3794b297bcb/nloptr': configure: error: C++ compiler cannot create executables See `config.log' for more details ERROR: configuration failed for package ‘nloptr’ * removing ‘/Users/***/Library/R/3.3/library/nloptr’ strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告がありました: unknown timezone 'zone/tz/2019a.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' * installing *source* package ‘Rcpp’ ... ** パッケージ ‘Rcpp’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました ** libs xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun ERROR: compilation failed for package ‘Rcpp’ * removing ‘/Users/***/Library/R/3.3/library/Rcpp’ strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告がありました: unknown timezone 'zone/tz/2019a.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' ERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’ * removing ‘/Users/***/Library/R/3.3/library/RcppEigen’ strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告がありました: unknown timezone 'zone/tz/2019a.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' ERROR: dependencies ‘nloptr’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’ * removing ‘/Users/ ***/Library/R/3.3/library/lme4’ strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告がありました: unknown timezone 'zone/tz/2019a.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘arm’ * removing ‘/Users/***/Library/R/3.3/library/arm’ ダウンロードされたパッケージは、以下にあります ‘/private/var/folders/nb/xvh21g956d54v_bv7dh90knw0000gn/T/Rtmp1G5FzD/downloaded_packages’ 警告メッセージ: 1: install.packages("arm") で: パッケージ ‘nloptr’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 2: install.packages("arm") で: パッケージ ‘Rcpp’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 3: install.packages("arm") で: パッケージ ‘RcppEigen’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 4: install.packages("arm") で: パッケージ ‘lme4’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 5: install.packages("arm") で: パッケージ ‘arm’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました > install.packages("sem") パッケージを ‘/Users/***/Library/R/3.3/library’ 中にインストールします (‘lib’ が指定されていないため) URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/mavericks/contrib/3.3/sem_3.1-9.tgz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 608687 bytes (594 KB) ================================================== downloaded 594 KB ダウンロードされたパッケージは、以下にあります /var/folders/nb/xvh21g956d54v_bv7dh90knw0000gn/T//Rtmp1G5FzD/downloaded_packages

KojiDoi

2019/05/04 11:08

はい、エラーメッセージが出ていますね。そのパッケージが依存するさらに別のパッケージのインストールに失敗しており、それはxcrunとやらが不平を言っているからだとわかりますね。そのエラーメッセージでググってみればどうすればいいかわかります。

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