Warning: Directive 'register_long_arrays' is deprecated

Question

会社で使用しているPHPプログラムを、セキュリティ対策の一環としてアップデートすることになり、PHP5.29から5.3.13へアップデート作業をしました。
すると、ApacheのエラーログにPHPエラーが頻発してしまいました。

他サイトで調べた結果、PHP5.3.xで推奨されない機能の中に「register_long_arrays」が入っており、これを有効にしていたことから起動時にE_DEPRECATEDエラーが発生したということは把握しました。
アップデートは終了し、PHPのバージョンも5.3.13へ変更したのですが、エラーが残ったまま放置はどうかと思い質問させていただきました。
エラー表示を消す方法をご存知の方、ご教授いただけませんでしょうか。