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Rのnlmeで、パラメータを推定したい / nlmixrのnlmeを用いて / プログラムの書き方

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R のnlmeで、パラメータを推定したいと思っています。
nlmixrのnlmeを使ってみています。
どなたか、プログラムの書き方についてご助言ください。
まずは、算出値よりプログラムが動くことを目指しています。

「A * exp(-ALPHA * Time) + B * exp(-BETA  * Time)」の式は、
推定したい「"v", "ke", "ka1", "ka2"」と言うパラメータで構成されています。
@@@@@@で囲ったプログラムで動きません。

「A, ALPHA, B, BETA」を直接推定する場合、
======で囲ったプログラムで動きます。

推定したいパラメータは、「"v", "ke", "ka1", "ka2"」です。
@@@@@@で囲ったプログラムのどこを修正したらよろしいでしょうか。
(プロシジャのサイトで調べればよいことかもしれませんが)

@@@@@@@@ プログラム動かない ここから @@@@@@@@@
nform <- function(psi, Time){
v   <- psi[1]
ke  <- psi[2] #k10
ka1 <- psi[3] #k12
ka2 <- psi[4] #k21
ALPHA<-((ke+ka1+ka2)+sqrt((ke+ka1+ka2)2-4*ka2*ke))/2; BETA <-((ke+ka1+ka2)-sqrt((ke+ka1+ka2)2-4*ka2*ke))/2;
A<-100/v*(ALPHA-ka2)/(ALPHA-BETA);
B<-100/v*(ka2-BETA)/(ALPHA-BETA);
f <- ~ A * exp(-ALPHA * Time) + B * exp(-BETA  * Time)
return(f)}

startvec1<-c(v=555, ke=0.036, ka1=0.28, ka2=0.38)
nlmixr_nlme<-deriv(nform, namevec=c("v", "ke", "ka1", "ka2"), 
function.arg=c("Time", "v", "ke", "ka1", "ka2"))
nlme.2cbr<-nlme(Concentration~nlmixr_nlme(Time, v, ke, ka1, ka2),
data=groupedData(Concentration~Time|Id, data=dt00),
fixed=list(v~1, ke~1, ka1~1, ka2~1),
random=pdDiag(v + ke + ka1 + ka2~1),
start=startvec1,
control = list(returnObject = T,msVerbose = T), verbose = F)
summary(nlme.2cbr)
@@@@@@@@ プログラム動かない ここまで @@@@@@@@@

======== プログラム動く ここから ===========
startvec1<-c(A=0.1, ALPHA=0.02, B=0.02, BETA=0.69)
nform<- ~ A * exp(-ALPHA * Time) + B * exp(-BETA  * Time)
nlmixr_nlme<-deriv(nform, namevec=c("A", "ALPHA", "B", "BETA"), 
function.arg=c("Time", "A", "ALPHA", "B", "BETA"))
nlme.2cbr<-nlme(Concentration~nlmixr_nlme(Time, A, ALPHA, B, BETA),
data=groupedData(Concentration~Time|Id, data=dt00),
fixed=list(A~1, ALPHA~1, B~1, BETA~1),
random=pdDiag(A + ALPHA + B + BETA~1),
start=startvec1,
control = list(returnObject = T,msVerbose = T), verbose = F)
summary(nlme.2cbr)
======== プログラム動く ここまで ===========

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  • KojiDoi

    2019/02/15 02:30

    非常にみにくいので、<code>ボタンを使うか、、’’’枠の中にコードを貼り付けてください。
    前にも同じことを注意されてますよね?

    キャンセル

回答 1

check解決した方法

0

こちらに質問しておきながら対応が遅くなり、すみませんでした。
また、見にくい編集となっていたこと、失礼しました。
本件、解決しました。
原因はnlmeとfunctionの使い方の不備でした。
プログラムの動作も確認しました。

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