Rscriptで引数を指定する

Question

前提・実現したいこと

以下のスクリプトを『Rscript スクリプト名.R』の形で実行したいです。
https://github.com/davidaknowles/leafcutter/blob/master/scripts/leafcutter_ds.R

スクリプト中にオプションで指定してある--num_threadsなどの引数を指定するためにはどうしたら良いのでしょうか。

該当のソースコードと問題点

Rscript ***.R --num_threads 数値　読み込みたいファイル名1　読み込みたいファイル名2
もしくは
***.R --num_threads 数値　読み込みたいファイル名1　読み込みたいファイル名2

『--』で指定しない引数(args[*]で指定したもの、上の場合だと『読み込みたいファイル名1/2』)は読み込めるのですが、
『--』で指定した数値やファイル名(num_threadsなど)は上のコードでは読み込むことができません。

これらのオプションを指定したい場合、どのようにコードを書くのが正確なのでしょうか。
初歩的な質問で恐縮ですが、ご教示いただけますと幸いです。

Comments

[KojiDoi]

https://davidaknowles.github.io/leafcutter/articles/Usage.html
を見る限り、
***.R --num_threads 数値　読み込みたいファイル名1　読み込みたいファイル名2
で行けそうに見えますが、ほんとうに「読み込むことができない」のでしょうか。

[kompeito]

ご返信ありがとうございます。

今回は解析ファイル数の関係で-i、-gのオプションを以下のように追加しています。
『***.R --num_threads 数値　-i 2 -g 1 読み込みたいファイル名1　読み込みたいファイル名2』
ただ、この-iと-gの値が認識されていないようで、以下のようなエラーが出ております。

The number of samples in the smallest group is less than min_samples_per_intron, which means no clusters are testable. You can reduce min_samples_per_intron using the -i option, but note that we have only carefully checked the calibration of leafcutter p-values down to n=4 samples per group.

The number of samples in the smallest group is less than min_samples_per_group, which means no clusters are testable. You can reduce min_samples_per_intron using the -g option, but note that we have only carefully checked the calibration of leafcutter p-values down to n=4 samples per group.

Answer 1

-i 2 -g 1 読み込みたいファイル名1　読み込みたいファイル名2

The number of samples in the smallest group is less than min_samples_per_intron,

-gで指定した数値が-iで指定した数字より小さいというのがこの英文の趣旨のようです。パラメータをスクリプトを受け付けていないのではなく、受け付けたうえで不適切だと主張しているのでしょう。ここでいうsampleというのが私には何を意味しているのか今一つ分かっていないので、具体的にどう不適切か判断できませんが、とにかくこの二つの数字の妥当性を再チェックしてみるべきであるように思われます。

Comments

[kompeito]

返信が遅くなり申し訳ありません。
ご指摘いただいたとおり私の勘違いで、-i 1 -g 1に変更したところ無事に動かすことができました。
ご回答頂き、本当にありがとうございました！