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taro373

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SingularityをCentOS7にインストールしています。

http://singularity.lbl.gov/quickstart の Installationにしたがって

$ git clone https://github.com/singularityware/singularity.git 
$ singularity


と実行しましたが、その次に実行しろと書かれているautogen.shがありません。

INSTALL.mdには下記の説明がありました。

$ cd $GOPATH/src/github.com/sylabs/singularity
$ ./mconfig
$ cd ./builddir
$ make
$ sudo make install

$ ./mconfigを実行すると最後に下記が表示されます。

=> builddir/Makefile ready, try:
   $ cd builddir
   $ make

makeを実行すると下記のエラーになってしまいます。

$ make
find: '/home/hoge/singularity/cmd/startergithub.com/sylabs/singularity/internal/app/starter': No such file or directory
find: '/home/hoge/singularity/cmd/startergithub.com/sylabs/singularity/internal/pkg/runtime/engines/config/starter': No such file or directory

"There are many ways to install Singularity but this quick start guide will only cover one."とあるので、この通りにやればできると考えたのですが、
うまくできた方がいらしたらどこで間違ってしまったか、教えてください。

https://singularity.lbl.gov/install-linux にある下記の方法ではインストールできました。

$ VERSION=2.5.2
$ wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz
$ tar xvf singularity-$VERSION.tar.gz
$ cd singularity-$VERSION
$ ./configure --prefix=/usr/local
$ make
$ sudo make install

$ singularity --version
2.5.2-dist
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回答 2

checkベストアンサー

+1

autogen.shを使用してのインストールは2.6.0までみたいですね。
3.0.0からはドキュメントのURLも変わって、インストール方法も変更されているようです。
2.6.0のインストール
3.0系のインストール

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  • 2019/06/10 11:19

    V2がインストールできていたので、そのままにしていましたが
    あらためて公式マニュアルに書かれてある方法でインストールを行い
    V3がインストールできました。

    $ singularity --version
    singularity version 3.2.1-627.gfae3307

    過去の作業記録を見ると公式ページの
    「Finally, set up your environment for Go」
    の部分の操作が抜けていたかもしれません。

    またGO言語が>=1.11.1である必要もありました。

    キャンセル

+1

以下通りにやれば問題なくmakeできました。

https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/INSTALL.md

実際に実行したコマンド

sudo yum groupinstall -y 'Development Tools'
sudo yum install -y openssl-devel libuuid-devel libseccomp-devel
export VERSION=1.11 OS=linux ARCH=amd64
cd /tmp
sudo yum -y install wget
wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
sudo tar -C /usr/local -xzf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
mkdir -p $GOPATH/src/github.com/sylabs
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs
git clone https://github.com/sylabs/singularity.git
cd singularity
./mconfig
cd ./builddir
make

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  • 2018/11/16 17:27

    これでインストールされたバージョンは3.0系ですか

    キャンセル

  • 2018/11/16 17:37

    バージョンは3.0系のようです
    $ singularity --version
    singularity version 3.0.1-57.gdae3bf7

    キャンセル

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