Rでの欠損値への変換

前提・実現したいこと

初めての質問なのですがお答えいただけると幸いです
RツールにてTCGAbiolinksというパッケージで解析を行っているのですが、その中でデータのある値を欠損値（NA）に変換したいのですがどうすればよいでしょうか？
詳細としましてはソースコードにおけるmetのデーター内にsmoking historyというdataがあり、その値が5個の項目に分かれているのですが、そのうちの3つを除去したいのが目標です。何卒よろしくお願いします。

発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

該当のソースコード

R
1library(TCGAbiolinks)
2library(SummarizedExperiment)
3DataDirectory <- paste0("GDCdata/",gsub("-","_","TGCA-BLCA"))
4FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","HTSeq_Counts",".rda")
5FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","IHM450",".rda")
6query <- GDCquery(project = "TCGA-BLCA",
7                  data.category = "DNA methylation",
8                  platform = "Illumina Human Methylation 450",
9                  legacy = TRUE)
10GDCdownload(query,
11            directory = DataDirectory)
12met <- GDCprepare(query, 
13                  save = TRUE,
14                  directory =  DataDirectory,
15                  save.filename = FileNameData)
16met <- subset(met,subset = (rowSums(is.na(assay(met))) == 0))
17acc1.met <- TCGAanalyze_DMR(met, groupCol="subtype_Tobacco.smoking.history",group1="Lifelong Non-smoker",group2="Current smoker",p.cut = 0.1,diffmean.cut = 0.1,legend = "State",plot.filename = "BLCA1_metvolcano.png")