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Rでの欠損値への変換

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omochi1

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 前提・実現したいこと

初めての質問なのですがお答えいただけると幸いです
RツールにてTCGAbiolinksというパッケージで解析を行っているのですが、その中でデータのある値を欠損値(NA)に変換したいのですがどうすればよいでしょうか?
詳細としましてはソースコードにおけるmetのデーター内にsmoking historyというdataがあり、その値が5個の項目に分かれているのですが、そのうちの3つを除去したいのが目標です。何卒よろしくお願いします。

 発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

 該当のソースコード

library(TCGAbiolinks)
library(SummarizedExperiment)
DataDirectory <- paste0("GDCdata/",gsub("-","_","TGCA-BLCA"))
FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","HTSeq_Counts",".rda")
FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","IHM450",".rda")
query <- GDCquery(project = "TCGA-BLCA",
                  data.category = "DNA methylation",
                  platform = "Illumina Human Methylation 450",
                  legacy = TRUE)
GDCdownload(query,
            directory = DataDirectory)
met <- GDCprepare(query, 
                  save = TRUE,
                  directory =  DataDirectory,
                  save.filename = FileNameData)
met <- subset(met,subset = (rowSums(is.na(assay(met))) == 0))
acc1.met <- TCGAanalyze_DMR(met, groupCol="subtype_Tobacco.smoking.history",group1="Lifelong Non-smoker",group2="Current smoker",p.cut = 0.1,diffmean.cut = 0.1,legend = "State",plot.filename = "BLCA1_metvolcano.png")

 試したこと

Rプロミングマニュアルなどを参照しましたがわからなかったです。

 補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

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回答 1

0

普通にNAを代入すれば良いです。

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