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R ver.3.5.1でCitrusパッケージのインストールがうまくいきません

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K.Mishima

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 前提・実現したいこと

R ver.3.5.1でCitrusパッケージを導入する
OSはmacOS High Sierra 10.13.6です

 発生している問題・エラーメッセージ

clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [hclust.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rclusterpp’

 該当のソースコード

install_github("nolanlab/Rclusterpp")

 試したこと

サイトで推奨されているR ver.3.0.3でインストールを試みましたが、Rがうまく動きません

 補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

R ver.3.5.1で下記のサイトに従ってCitrusパッケージをインストールしています。

https://github.com/nolanlab/citrus/wiki/Installing-Citrus

R>install_github("nolanlab/Rclusterpp”)と入力すると下記メッセージが表示され、うまくインストールできません。
サイトではR ver.3.0.3でインストールを勧められていますが、うまくインストールできません。
Rの初心者で基本的な質問で申し訳ございませんが、ご回答よろしくお願いします。

install_github("nolanlab/Rclusterpp")
Downloading GitHub repo nolanlab/Rclusterpp@master
checking DESCRIPTION meta-information ...k/x2dw6ff1507d0276x7fxkm6w0000gn/T/RtmpEto6yB/remotes6ca850d1d2e3/nolanlab-Rclusterpp-740cb0b/DESCRIPTION’ ...

  • installing *source* package ‘Rclusterpp’ ...
     libs clang++  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/RcppEigen/include" -I/usr/local/include  -I../inst/include -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c hclust.cpp -o hclust.o clang: error: unsupported option '-fopenmp' make: * [hclust.o] Error 1
    ERROR: compilation failed for package ‘Rclusterpp’
  • removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rclusterpp’
    i.p(...) でエラー: 
    (警告から変換されました) installation of package ‘/var/folders/sk/x2dw6ff1507d0276x7fxkm6w0000gn/T//RtmpEto6yB/file6ca884031ce/Rclusterpp_0.2.4.tar.gz’ had non-zero exit status
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  • KojiDoi

    2018/11/15 21:11

    OSは何ですか?

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  • fiwa

    2018/11/16 18:46

    clang: error: unsupported option '-fopenmp' というエラーなので openMPが使えるコンパイラを用意する必要があるということだと思いますが。 https://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html#I-get-_0060_0060clang_003a-error_003a-unsupported-option-_002dfopenmp_0027_0027-when-compiling-a-package-_002d_002d-why_003f

    キャンセル

  • K.Mishima

    2018/11/20 19:28

    アドバイスありがとうございます。提示いただきましたサイトに従ってコンパイラを導入したつもりですが、うまくいきませんでした。理解が追いついていないだけかもしれませんが、折角ご回答いただきましたのに申し訳ありません。

    キャンセル

回答 1

0

R> library("devtools")
R> install_github('nolanlab/Rclusterpp')
R> install_github('nolanlab/citrus')

2行目以降のコードを下記のように書き換えるとうまくいきました。

R> devtools::install_github("nolanlab/Rclusterpp")
R> devtools::install_github("nolanlab/spade")

ご回答いただきましてありがとうございました。
また、このようにしてうまくいく理由についてご存知の方がいらっしゃいましたらコメントいただけますとありがたいです。

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