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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Q&A

1回答

293閲覧

R ver.3.5.1でCitrusパッケージのインストールがうまくいきません

K.Mishima

総合スコア13

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2018/11/15 11:06

編集2018/11/15 12:39

前提・実現したいこと

R ver.3.5.1でCitrusパッケージを導入する
OSはmacOS High Sierra 10.13.6です

発生している問題・エラーメッセージ

clang: error: unsupported option '-fopenmp' make: *** [hclust.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘Rclusterpp’

該当のソースコード

R

1install_github("nolanlab/Rclusterpp")

試したこと

サイトで推奨されているR ver.3.0.3でインストールを試みましたが、Rがうまく動きません

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

R ver.3.5.1で下記のサイトに従ってCitrusパッケージをインストールしています。

https://github.com/nolanlab/citrus/wiki/Installing-Citrus

R>install_github("nolanlab/Rclusterpp”)と入力すると下記メッセージが表示され、うまくインストールできません。
サイトではR ver.3.0.3でインストールを勧められていますが、うまくインストールできません。
Rの初心者で基本的な質問で申し訳ございませんが、ご回答よろしくお願いします。

install_github("nolanlab/Rclusterpp")

Downloading GitHub repo nolanlab/Rclusterpp@master
checking DESCRIPTION meta-information ...k/x2dw6ff1507d0276x7fxkm6w0000gn/T/RtmpEto6yB/remotes6ca850d1d2e3/nolanlab-Rclusterpp-740cb0b/DESCRIPTION’ ...

  • installing source package ‘Rclusterpp’ ...

** libs
clang++ -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/RcppEigen/include" -I/usr/local/include -I../inst/include -fopenmp -fPIC -Wall -g -O2 -c hclust.cpp -o hclust.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [hclust.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rclusterpp’

  • removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rclusterpp’

i.p(...) でエラー:
(警告から変換されました) installation of package ‘/var/folders/sk/x2dw6ff1507d0276x7fxkm6w0000gn/T//RtmpEto6yB/file6ca884031ce/Rclusterpp_0.2.4.tar.gz’ had non-zero exit status

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KojiDoi

2018/11/15 12:11

OSは何ですか?
K.Mishima

2018/11/20 10:28

アドバイスありがとうございます。提示いただきましたサイトに従ってコンパイラを導入したつもりですが、うまくいきませんでした。理解が追いついていないだけかもしれませんが、折角ご回答いただきましたのに申し訳ありません。
guest

回答1

0

R> library("devtools")
R> install_github('nolanlab/Rclusterpp')
R> install_github('nolanlab/citrus')

2行目以降のコードを下記のように書き換えるとうまくいきました。

R> devtools::install_github("nolanlab/Rclusterpp")
R> devtools::install_github("nolanlab/spade")

ご回答いただきましてありがとうございました。
また、このようにしてうまくいく理由についてご存知の方がいらっしゃいましたらコメントいただけますとありがたいです。

投稿2018/11/20 10:34

K.Mishima

総合スコア13

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