一応解決しました。
howm-directlyという変数の値が保存先を示すので、その値を変更する関数をつくり、キーバインドで使い分けできるようにしました。
あまり良いコードではありませんが載せときます。```Elisp
;; メモモード
(defun howm-memo ()
(interactive)
(setq howm-directory (concat user-emacs-directory "howm"))
(howm-menu))
;; diaryモード
(defun howm-dia ()
(interactive)
(setq howm-directory (concat user-emacs-directory "howm-diary"))
(howm-menu))
(when (require 'howm-mode nil t)
; howm-mode key-bound
(define-key global-map (kbd "C-c ,,") 'howm-memo)
(define-key global-map (kbd "C-c d") 'howm-dia)
)
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