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awk matchで指定文字列が何文字目からあるか検索

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(file1)
>A
PGSELISGGWFREENDQWPGQAMSLRVEKVLYDAPTKFQHLTIFESDPKG

(file2)
>B
MPGSELISGGWFREENDQWPGQAMSLRVEKVLYDAPTKFQHL


このようなファイルがあり、file1の2行目の3文字(PGS)がfile2の2行目の何文字目から一致しているか知りたいです。
そこで、以下のようなスクリプトを書きました。

LINE1_1=`cat "file1"`
LINE1_2=`echo ${LINE1_1:3:3}`  #(PGS)

LINE2_1=`cat "file2"`

echo ${LINE2_1} | awk '{print match('"${LINE2_1}"', '"${LINE1_2}"'); print RSTART,RLENGTH}'


これを実行すると

awk: {print match(>B
awk:              ^ syntax error
awk: コマンドライン:3: 致命的: 0 は match に使える引数の数としては不正です。

というエラーメッセージが出ます。
どう直せば期待している結果が得られるのでしょうか。
よろしくお願いします。

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回答 3

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0

多分こんな感じで。

awk -v d1="${LINE1_2}" 'NR==2{print match($0, d1); print RSTART,RLENGTH}' file2

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  • 2018/11/02 13:32

    これはアミノ酸配列データみたいに見えますが、だとするとこういったad hocな方法では直ぐに問題が出てくると思います。アライメントソフトかbioperlで対応したほうがいいんじゃないでしょうか。違ってたらすみません。

    キャンセル

0

LINE1_1=`cat "file1"`
LINE1_2=`echo ${LINE1_1:3:3}`  #(PGS)

cat file2 | awk '{match($0, '\""${LINE1_2}"\"')} (RSTART>0){print RSTART,RLENGTH}'

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  • 2018/11/02 13:21

    質問文に「2行目の何文字目から一致しているか」とあったのでその通りにしましたが、求めているものはこれであっていますか?

    キャンセル

0

動かしてないんでミスってたら申し訳ない

TARGET=`awk 'NR==2{printf "%s",substr($0,1,3)}' file1`
awk 'NR==2 && match($0,/'$TARGET'/){print RSTART,RLENGTH}' file2


こういうのを一回だけならエディタで検索する方が早い
気もしますが、まあ、なんか事情があるんでしょうかねえ。

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