はじめに

Docker勉強し始めです。
あまり詳しくありません。

環境

MacOS High Sierra (10.13.4)
Docker for Mac 18.06.1-ce-mac73 (26764)

質問概要

Amazon Linux2のDockerイメージに、MySQLをyum installし、
mysqlコマンドで接続しようとすると、

ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on '127.0.0.1' (111)

と言われる原因と解決方法を知りたいです。

質問詳細/やったことなど

最終的に、docker-compose.ymlとDockerfileに落とし込みたいのですが、
コマンドを確認するため以下の手順にしております。

まず、AmazonLinux2のイメージをdocker pullし、
そこにyum installでMySQL 5.7をインストールしました。
なお、Docker上で行っているものはすべてroot権限なので「#」表記が正しいですが、
markdownでコメント扱いになるので、あえて「$」で表記しています。

bash
1# Amazon Linux2を引っ張ってくる
2$ docker pull amazonlinux:2.0.20180622.1
3
4# 落としたAmazonLinux2のイメージにsshで入る
5$ docker run -it amazonlinux:2.0.20180622.1 bash
6
7# MySQL5.7をインストールできるように、リポジトリを読み込む
8$ yum localinstall -y https://dev.mysql.com/get/mysql57-community-release-el7-11.noarch.rpm
9
10# MySQL5.7のインストール
11$ yum install -y mysql mysql-server

上記コマンドはすべて成功したようで、特にエラーなどはありませんでした。

この後、

$ mysql -u root

を実行すると、

ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/lib/mysql/mysql.sock'

が表示されました。
なので、

touch /var/lib/mysql/mysql.sock

を行い、ファイルを作成後再度、mysql -u rootを実行しましたが、
同じエラーが出ました。

mysqlをrestartしていないのが問題かと思い、

$ /usr/sbin/mysqld restart

とすると、

2018-10-22T04:25:58.993611Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2018-10-22T04:25:58.995886Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.7.24) starting as process 192 ...
2018-10-22T04:25:58.997389Z 0 [ERROR] Fatal error: Please read "Security" section of the manual to find out how to run mysqld as root!

2018-10-22T04:25:58.997447Z 0 [ERROR] Aborting

2018-10-22T04:25:58.997478Z 0 [Note] Binlog end
2018-10-22T04:25:59.000258Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete

と怒られたので、Stack Overflowで見つけた以下コマンドを実行してみましたが、駄目でした…

$ /usr/sbin/mysqld restart --user=root

もしかして、接続ホストをきめないといけないのかと思い、

$ mysql -h 127.0.0.1 -u root -P 3306

としましたが、

ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on '127.0.0.1' (111)

となります。

これはどの様に回避するのでしょうか？
ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示いただけますと幸いです。

追記

どうも、MySQLのプロセスが立ち上がってない…？

$ ps ax | grep mysql

↑自分しか出ない

エラーログを一度全クリア後、

/usr/sbin/mysqld --user=root

↓ エラーログ

2018-10-22T05:47:42.185394Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.7.24) starting as process 427 ...
2018-10-22T05:47:42.188000Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2018-10-22T05:47:42.188038Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2018-10-22T05:47:42.188047Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2018-10-22T05:47:42.188054Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2018-10-22T05:47:42.188061Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.11
2018-10-22T05:47:42.188068Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2018-10-22T05:47:42.188238Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2018-10-22T05:47:42.188320Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2018-10-22T05:47:42.189333Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2018-10-22T05:47:42.196081Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2018-10-22T05:47:42.198297Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2018-10-22T05:47:42.209708Z 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2018-10-22T05:47:42.221513Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2018-10-22T05:47:42.221578Z 0 [Note] InnoDB: Setting file './ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2018-10-22T05:47:42.263084Z 0 [Note] InnoDB: File './ibtmp1' size is now 12 MB.
2018-10-22T05:47:42.264346Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2018-10-22T05:47:42.264381Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2018-10-22T05:47:42.265052Z 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2018-10-22T05:47:42.315545Z 0 [Note] InnoDB: 5.7.24 started; log sequence number 1210075
2018-10-22T05:47:42.316198Z 0 [Note] InnoDB: Loading buffer pool(s) from /var/lib/mysql/ib_buffer_pool
2018-10-22T05:47:42.316278Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
mysqld: Table 'mysql.plugin' doesn't exist
2018-10-22T05:47:42.316411Z 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.
2018-10-22T05:47:42.316411Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 181022  5:47:42
2018-10-22T05:47:42.316588Z 0 [ERROR] Too many arguments (first extra is 'start').
2018-10-22T05:47:42.316607Z 0 [Note] Use --verbose --help to get a list of available options!
2018-10-22T05:47:42.316616Z 0 [ERROR] Aborting

2018-10-22T05:47:42.316627Z 0 [Note] Binlog end
2018-10-22T05:47:42.316750Z 0 [Note] Shutting down plugin 'ngram'
2018-10-22T05:47:42.316762Z 0 [Note] Shutting down plugin 'partition'
2018-10-22T05:47:42.316778Z 0 [Note] Shutting down plugin 'BLACKHOLE'
2018-10-22T05:47:42.316786Z 0 [Note] Shutting down plugin 'ARCHIVE'
2018-10-22T05:47:42.316806Z 0 [Note] Shutting down plugin 'PERFORMANCE_SCHEMA'
2018-10-22T05:47:42.316840Z 0 [Note] Shutting down plugin 'MRG_MYISAM'
2018-10-22T05:47:42.316847Z 0 [Note] Shutting down plugin 'MyISAM'
2018-10-22T05:47:42.316861Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_VIRTUAL'
2018-10-22T05:47:42.316868Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_DATAFILES'
2018-10-22T05:47:42.316874Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_TABLESPACES'
2018-10-22T05:47:42.316880Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_FOREIGN_COLS'
2018-10-22T05:47:42.316886Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_FOREIGN'
2018-10-22T05:47:42.316892Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_FIELDS'
2018-10-22T05:47:42.316898Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_COLUMNS'
2018-10-22T05:47:42.316904Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_INDEXES'
2018-10-22T05:47:42.316910Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_TABLESTATS'
2018-10-22T05:47:42.316916Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_SYS_TABLES'
2018-10-22T05:47:42.316922Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_INDEX_TABLE'
2018-10-22T05:47:42.316928Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_INDEX_CACHE'
2018-10-22T05:47:42.316934Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_CONFIG'
2018-10-22T05:47:42.316940Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_BEING_DELETED'
2018-10-22T05:47:42.316955Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_DELETED'
2018-10-22T05:47:42.316962Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_FT_DEFAULT_STOPWORD'
2018-10-22T05:47:42.316968Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_METRICS'
2018-10-22T05:47:42.316974Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_TEMP_TABLE_INFO'
2018-10-22T05:47:42.316980Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_BUFFER_POOL_STATS'
2018-10-22T05:47:42.316986Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_BUFFER_PAGE_LRU'
2018-10-22T05:47:42.316992Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_BUFFER_PAGE'
2018-10-22T05:47:42.316998Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMP_PER_INDEX_RESET'
2018-10-22T05:47:42.317004Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMP_PER_INDEX'
2018-10-22T05:47:42.317010Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMPMEM_RESET'
2018-10-22T05:47:42.317016Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMPMEM'
2018-10-22T05:47:42.317022Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMP_RESET'
2018-10-22T05:47:42.317028Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_CMP'
2018-10-22T05:47:42.317034Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_LOCK_WAITS'
2018-10-22T05:47:42.317040Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_LOCKS'
2018-10-22T05:47:42.317046Z 0 [Note] Shutting down plugin 'INNODB_TRX'
2018-10-22T05:47:42.317052Z 0 [Note] Shutting down plugin 'InnoDB'
2018-10-22T05:47:42.317157Z 0 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2018-10-22T05:47:42.317275Z 0 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2018-10-22T05:47:42.419178Z 0 [Note] InnoDB: Dumping buffer pool(s) to /var/lib/mysql/ib_buffer_pool
2018-10-22T05:47:42.419688Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) dump completed at 181022  5:47:42
2018-10-22T05:47:43.958962Z 0 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1210094
2018-10-22T05:47:43.962226Z 0 [Note] InnoDB: Removed temporary tablespace data file: "ibtmp1"
2018-10-22T05:47:43.962259Z 0 [Note] Shutting down plugin 'MEMORY'
2018-10-22T05:47:43.962269Z 0 [Note] Shutting down plugin 'CSV'
2018-10-22T05:47:43.962279Z 0 [Note] Shutting down plugin 'sha256_password'
2018-10-22T05:47:43.962294Z 0 [Note] Shutting down plugin 'mysql_native_password'
2018-10-22T05:47:43.962420Z 0 [Note] Shutting down plugin 'binlog'
2018-10-22T05:47:43.964954Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete

参考にしたサイト様

行動規範の内容に同意します

回答3件

2018-10-22T05:47:42.316278Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
mysqld: Table 'mysql.plugin' doesn't exist
2018-10-22T05:47:42.316411Z 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.

と出力されているので、mysql_upgradeコマンドを実行してみてはいかがでしょう？

投稿2018/10/22 06:58

yukky1201

総合スコア2751

nnahito

2018/10/22 07:15

ご回答有り難うございます。 MySQLサーバが立ち上がっていないので、Can't Connect系のエラーが出ます…

行動規範の内容に同意します

既に試されているかもしれませんが、可能性のありそうなところをば。

①Fatal error: Please read “Security” section of the manual to find out how to run mysqld as root!
MySQL5.7では「root権限ではmysqldを起動できない」みたいですね。
ローカルユーザーなら起動できるのではないでしょうか。

②MySQLで「ERROR 2003 (HY000): Can’t connect to MySQL server」と怒られた時の対処法
EC2を使用している場合は、「Security Group」の設定をしてやる必要があるそうです。

問題解決の一助になれば幸いです。

投稿2018/10/22 06:49

編集2018/10/22 06:51

madoka9393

総合スコア994

nnahito

2018/10/22 07:16

ご回答有り難うございます！ > MySQL5.7では「root権限ではmysqldを起動できない」みたいですね。 > ローカルユーザーなら起動できるのではないでしょうか。こちら、「su mysql -」を実行したのですが、rootのままユーザが移行せず…… > EC2を使用している場合は、「Security Group」の設定をしてやる必要があるそうです。ローカルのDocker上なので、EC2は使ってないです…すいません＞＜

madoka9393

2018/10/22 07:24

＞ローカルのDocker上なので、EC2は使ってないです…すいません＞＜「Amazon Linux2」とあったのでAWSでEC2を使用していると早合点してしまいました…。当方もDockerは詳しくないのでアレですが、以下のような記事はどうですかね。 http://blog.krks.net/2015/0922-docker-use-user/ (docker root 以外でググって見つけたもの)

nnahito

2018/10/22 07:28

ご返信有難うございます！ denzowさんのコマンドで、無事立ち上がりました！調べていただいてありがとうございました！

行動規範の内容に同意します

ベストアンサー

AmazonLinux上にMySQLを入れなければいけない要件があるという前提で回答させていただきます。
(できればmysqlのコンテナを使ったほうが楽ですが・・・)
事象的にはmysqlが起動できていないことが根本です。
正しい対応かは微妙ですが、以下でデータディレクトリを作り直してrootユーザでmysqldを起動してうまくいきませんか？

bash-4.2# rm -rf /var/lib/mysql
bash-4.2# mysqld --initialize-insecure
bash-4.2# /usr/sbin/mysqld --user=root &
bash-4.2# echo 'select now()' | mysql -u root
now()
2018-10-22 06:45:08

投稿2018/10/22 06:46

編集2018/10/22 06:47

denzow

総合スコア640

nnahito

2018/10/22 07:21

ご回答有り難うございます！こちら試させていだだきます！ > できればmysqlのコンテナを使ったほうが楽ですがあ、やっぱりそうなんですね……ｗそっちに変えようかな…… 一応目的として、本番サーバにローカル環境を近づけるため、AmazonLinux2のイメージを使ってる感じですね。ただ、RDSがAuroraなので、とりあえずAmzon Linux2でいいかーとやってしまった感じです

denzow

2018/10/22 07:23

であれば、本当はdocker-composeを使って、mysqlコンテナとアプリケーション用のコンテナを立てるほうがいいのかもしれません

nnahito

2018/10/22 07:27

ご返信有難うございます！ > mysqlコンテナとアプリケーション用のコンテナを立てるほうがいいのかもしれませんなるほど…… ではmysqlコンテナに変更します！今docker pullでやってる理由として、インストール手順のコマンドを調べるためだったので、最終的にはdocker-composeにまとめるつもりでした！ありがとうございます！また、いただきましたコマンドで無事立ち上がりました！本当にありがとうございます！

行動規範の内容に同意します

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