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    CMakeはクロスプラットフォームで作動するオープンソースのビルドシステムです。コマンドライン又は組み込まれた開発環境で使うことができる元のmakefileとプロジェクトファイルを生成します。

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    make は、ビルド作業を自動化するツールです。さまざまなファイルの最終変更時刻を比較し、従属するファイルよりも「ターゲット」のファイルが古いことがわかったときユーザーが設定していた命令を実行する事が可能です。

  • makefile

    49questions

    make は、プログラムのビルド作業を自動化するツールです。コンパイル、リンク、インストール等のルールを記述したテキストファイルをmakefileと呼び、このルールに従ってmakeが自動的にビルドを実行する。

make実行時のエラーの意味を理解したいです。

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sgm

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 前提・実現したいこと

make実行時のエラーの内容を理解したいです。
Gromacs-LSというソフトウェアをインストールしたいと思っています。
マニュアルによれば、解凍後、ccmake→make→make installという手順となっています。
ccmakeの使用が初めてで、make実行時のエラーが何を意味しているか理解したいです。

 発生している問題・エラーメッセージ

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3.a(apiplan.o): relocation R_X86_64_32S against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC /usr/local/lib/libfftw3.a: error adding symbols: Bad value collect2: error: ld returned 1 exit status src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/build.make:1918: recipe for target 'src/mdlib/libmd_LS.so.6' failed make[2]: * [src/mdlib/libmd_LS.so.6] Error 1 CMakeFiles/Makefile2:1152: recipe for target 'src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/all' failed make[1]: * [src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/all] Error 2 Makefile:160: recipe for target 'all' failed make: *** [all] Error 2

### 該当のソースコード

ここに言語名を入力 ソースコード ```

 試したこと

一つ目のエラーで"recompile with -fPIC"とあったので、ccmakeで該当箇所のオプションにfPICを追加して実行したところ、次のようなエラーが出力されました。
make[2]: *** No rule to make target '/usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC', needed by 'src/mdlib/libmd_LS.so.6'.  Stop.

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回答 2

checkベストアンサー

+1

ccmakeで該当箇所のオプションにfPICを追加して実行した

どこにどう追加されたか明らかになっていませんが、おそらく追加の仕方が間違っています。
そのため、'/usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC'という名前のライブラリをビルドしようとして、そんなん知らん言われているのだと思います。


ソースのダウンロード先は、以下で間違いないでしょうか。
http://mdstress.org/index.php/downloads/

どのファイルのどこを修正したか、追記をお願いできますでしょうか。

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  • 2018/06/26 15:16

    回答ありがとうございます。
    ダウンロード先はそちらで間違いありません。
    GROMACS-LSのインストールにはFFTW3というソフトウェアが必要で、以下はFFTW3に関するccmakeの項目です。
    FFTW3_INCLUDE_DIR /usr/local/include
    FFTW3_LIBRARIES /usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC
    二つ目の項目に-fPICを追加しました。

    よろしくお願い致します。

    キャンセル

  • 2018/06/26 15:43

    試しに手元でコンパイルしてみましたが、普通にfPICオプションなしでもコンパイル通っちゃいましたねぇ。。。
    少なくとも、fPICオプションつけるなら、以下のようにした方が良いです。

    $ make CFLAGS=-fPIC LDFLAGS=-fPIC

    キャンセル

  • 2018/06/26 15:43

    つまり、CMakeFile.txtを修正するのではなく、make実行時にオプションを追加してコンパイルする感じです。

    キャンセル

  • 2018/06/26 17:35

    返信ありがとうございます。
    fPICオプションの付け方に関して、ありがとうございました。
    一方、そのオプションで実行したところ同じエラー("recompile with -fPIC ...")が出ました。
    それ以前の箇所で問題がありそうです。

    LAPACKのconfigure, GROMACS-LSのconfigureの段階で警告が出ており、それが発端なのかもしれません(別途質問を投稿しますので、ご回答いただけると幸いです)。

    >> 試しに手元でコンパイルしてみましたが、普通にfPICオプションなしでもコンパイル通っちゃいましたねぇ。。。
    もしよろしければ、どのようにコンパイルされたか教えて頂けないでしょうか。
    よろしくお願い致します。

    キャンセル

  • 2018/06/26 17:52

    $ sudo apt-get install libfftw3-3 libfftw3-bin libfftw3-dev libblas3 liblapack3 liblapack-dev
    $ git clone https://bitbucket.org/mdstresslib/gromacs-ls-4.5.5.git
    $ cd gromacs-4.5.5
    $ mkdir build
    $ cd build
    $ cmake ..
    $ sudo make

    キャンセル

  • 2018/06/26 17:53

    環境は、以下です。
    $ uname -a
    Linux ubuntu-xenial 4.4.0-128-generic #154-Ubuntu SMP Fri May 25 14:15:18 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

    キャンセル

  • 2018/06/26 17:54

    特にファイルを編集したりはしていません。

    キャンセル

  • 2018/06/26 18:26

    ご返信ありがとうございます。
    教えて頂いた手順にて、コンパイルすることができました。

    ご丁寧にありがとうございました。
    また機会があればお願い致します。

    キャンセル

0

-fPIC に対応するmake生成ルールがない、というエラーですんで、
早い話が、 -fPIC というオプションに対応していないってことですね

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