make実行時のエラーの意味を理解したいです。

Question

前提・実現したいこと

make実行時のエラーの内容を理解したいです。
Gromacs-LSというソフトウェアをインストールしたいと思っています。
マニュアルによれば、解凍後、ccmake→make→make installという手順となっています。
ccmakeの使用が初めてで、make実行時のエラーが何を意味しているか理解したいです。

発生している問題・エラーメッセージ

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3.a(apiplan.o): relocation R_X86_64_32S against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/local/lib/libfftw3.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/build.make:1918: recipe for target 'src/mdlib/libmd_LS.so.6' failed
make[2]: *** [src/mdlib/libmd_LS.so.6] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:1152: recipe for target 'src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/all' failed
make[1]: *** [src/mdlib/CMakeFiles/md.dir/all] Error 2
Makefile:160: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

### 該当のソースコード

```ここに言語名を入力
ソースコード

試したこと

一つ目のエラーで"recompile with -fPIC"とあったので、ccmakeで該当箇所のオプションにfPICを追加して実行したところ、次のようなエラーが出力されました。
make[2]: *** No rule to make target '/usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC', needed by 'src/mdlib/libmd_LS.so.6'.  Stop.

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Answer 1

ccmakeで該当箇所のオプションにfPICを追加して実行した

どこにどう追加されたか明らかになっていませんが、おそらく追加の仕方が間違っています。
そのため、'/usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC'という名前のライブラリをビルドしようとして、そんなん知らん言われているのだと思います。

---

ソースのダウンロード先は、以下で間違いないでしょうか。
http://mdstress.org/index.php/downloads/

どのファイルのどこを修正したか、追記をお願いできますでしょうか。

Comments

[sgm]

回答ありがとうございます。
ダウンロード先はそちらで間違いありません。
GROMACS-LSのインストールにはFFTW3というソフトウェアが必要で、以下はFFTW3に関するccmakeの項目です。
FFTW3_INCLUDE_DIR /usr/local/include
FFTW3_LIBRARIES /usr/local/lib/libfftw3.a -fPIC
二つ目の項目に-fPICを追加しました。

よろしくお願い致します。

[kazto]

試しに手元でコンパイルしてみましたが、普通にfPICオプションなしでもコンパイル通っちゃいましたねぇ。。。
少なくとも、fPICオプションつけるなら、以下のようにした方が良いです。

$ make CFLAGS=-fPIC LDFLAGS=-fPIC

[kazto]

つまり、CMakeFile.txtを修正するのではなく、make実行時にオプションを追加してコンパイルする感じです。

[sgm]

返信ありがとうございます。
fPICオプションの付け方に関して、ありがとうございました。
一方、そのオプションで実行したところ同じエラー("recompile with -fPIC ...")が出ました。
それ以前の箇所で問題がありそうです。

LAPACKのconfigure, GROMACS-LSのconfigureの段階で警告が出ており、それが発端なのかもしれません(別途質問を投稿しますので、ご回答いただけると幸いです)。

>> 試しに手元でコンパイルしてみましたが、普通にfPICオプションなしでもコンパイル通っちゃいましたねぇ。。。
もしよろしければ、どのようにコンパイルされたか教えて頂けないでしょうか。
よろしくお願い致します。

[kazto]

$ sudo apt-get install libfftw3-3 libfftw3-bin libfftw3-dev libblas3 liblapack3 liblapack-dev
$ git clone https://bitbucket.org/mdstresslib/gromacs-ls-4.5.5.git
$ cd gromacs-4.5.5
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ sudo make

[kazto]

環境は、以下です。
$ uname -a
Linux ubuntu-xenial 4.4.0-128-generic #154-Ubuntu SMP Fri May 25 14:15:18 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

[kazto]

特にファイルを編集したりはしていません。

[sgm]

ご返信ありがとうございます。
教えて頂いた手順にて、コンパイルすることができました。

ご丁寧にありがとうございました。
また機会があればお願い致します。

Answer 2

-fPIC に対応するmake生成ルールがない、というエラーですんで、
早い話が、 -fPIC というオプションに対応していないってことですね