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Anaconda内のR、libraryの読み込みができない。

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Moriq

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Anaconda内にインストールしたRにrglというパッケージを入れたのですが、
library("rgl")
と読み込もうとすると、以下のようなエラーで、読み込みができません。

エラー: package or namespace load failed for ‘rgl’:
.onLoad は loadNamespace()('rgl' に対する)の中で失敗しました、詳細は: 
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error:  共有ライブラリ '/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so' を読み込めません: 
dlopen(/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: @rpath/libintl.9.dylib
Referenced from: /Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so
Reason: image not found  

rglを入れる際にも、R内でのinstall.packages("rgl")では、httpuvやmimeなどrglに依存するpackagesの読み込みがうまくいかず、結局、ターミナルから
conda install -c r r-rgl
で入れました。
問題はどこにありますでしょうか?
PATHに問題があるように思うのですが、どこにどのように設定すべきでしょうか?
すみませんが、よろしくお願いします。

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回答 1

checkベストアンサー

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anacondaのことは詳しく知りませんが、エラーメッセージを見る限り、Rのライブラリやpath設定の問題以前にrglのライブラリがうまくインストールされていないように見えます。まずはそこからやり直してみるべきでしょう。

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  • 2018/05/13 22:19

    回答ありがとうございます。
    もう一度、rにてinstall.packages("rgl")を入力し、インストールしてみましたが、
    * installing *source* package ‘rgl’ ...
    ** パッケージ ‘rgl’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました
    checking for gcc... clang
    checking whether the C compiler works... yes
    checking for C compiler default output file name... a.out
    checking for suffix of executables...
    checking whether we are cross compiling... no
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler... yes
    checking whether clang accepts -g... yes
    checking for clang option to accept ISO C89... none needed
    checking how to run the C preprocessor... clang -E
    checking for gcc... (cached) clang
    checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
    checking whether clang accepts -g... (cached) yes
    checking for clang option to accept ISO C89... (cached) none needed
    checking for libpng-config... yes
    configure: using libpng-config
    configure: using libpng dynamic linkage
    checking for X... libraries , headers /usr/X11/include
    checking for glEnd in -lGL... no
    configure: error: missing required library GL
    ERROR: configuration failed for package ‘rgl’
    * removing ‘/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl’
    * restoring previous ‘/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl’

    ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
    ‘/private/var/folders/w3/qnhnps912mx5m93rrt8_26lh0000gn/T/RtmpXysrH2/downloaded_packages’
    '.Library' 中のパッケージの HTML 索引を更新します
    Making 'packages.html' ... 完了
    警告メッセージ:
    install.packages("rgl") で:
    パッケージ ‘rgl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

    というエラーが出ました。

    今度はターミナルにて、
    $ conda install -c r r-rgl
    Solving environment: done

    # All requested packages already installed.

    と表示さえ、うまくインストールされているように見えます。

    Rで再度、library("rgl")としましたが、質問と同じエラーが表示されます。
    どこに問題がありますでしょうか?
    すみませんが、よろしくお願いいたします。

    キャンセル

  • 2018/05/13 22:28

    Rのパッケージはインストールできているかもしれませんが、rglのライブラリがインストールには失敗しているわけです。さらにみるとmissing required library GLと言われていますから、まずGLのインストールが必要でしょう。これらはRとは別ものです。condaのチェック機能がどういう仕様になっているか知りませんが、万全ではないということでしょう。

    キャンセル

  • 2018/05/14 00:32

    回答ありがとうございます。
    素人質問で申し訳ありません。
    GLとは何でしょうか?グーグルで色々調べましたが、わかりませんでした。
    インストールは、どのように行ったら良いでしょうか?

    私の使用している環境は
    OS: mac OS High Sierra 10.13.4
    AnacondaはPython3.6用のもので、その中に、/Users/username/anaconda3/bin/r
    でR: 3.4.1が入っております。

    よろしくお願いします。

    キャンセル

  • 2018/05/14 01:02

    macosユーザではないので細かいことは判りませんが、ググったら次のようなのが見つかりました。
    http://d.hatena.ne.jp/peccu/20120831/rgl
    いずれにせよ、anacondaのことはいったん忘れて、こちらのライブラリを何とかしたほうがいいと思います。

    キャンセル

  • 2018/05/17 00:22

    回答ありがとうございます。
    http://d.hatena.ne.jp/peccu/20120831/rgl
    に従って、GLの場所を指定して、rglをインストールしようとしましたが、GLはクリアしたものの、また別のところでエラーが出てしまいました。
    行ったことは、
    $ locate GL/gl.h
    /opt/X11/include/GL/gl.h
    $ locate libglut
    /opt/X11/lib/libglut.3.dylib
    /opt/X11/lib/libglut.dylib
    でしたので、Rのコンソールで
    > install.packages("rgl", configure.args="--disable-cocoa --with-gl-includes=/opt/X11/include --with-gl-libs=/opt/X11/lib --with-x")
    としたところ、
    checking for gcc... clang
    checking whether the C compiler works... yes
    checking for C compiler default output file name... a.out
    checking for suffix of executables...
    checking whether we are cross compiling... no
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler... yes
    checking whether clang accepts -g... yes
    checking for clang option to accept ISO C89... none needed
    checking how to run the C preprocessor... clang -E
    checking for gcc... (cached) clang
    checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
    checking whether clang accepts -g... (cached) yes
    checking for clang option to accept ISO C89... (cached) none needed
    checking for libpng-config... yes
    configure: using libpng-config
    configure: using libpng dynamic linkage
    checking for X... libraries , headers /usr/X11/include
    checking for glEnd in -lGL... yes
    checking for gluProject in -lGLU... yes
    configure: Darwin, so ensuring /opt/X11/bin is at the head of the PATH...
    checking for pkg-config... yes
    Package freetype2 was not found in the pkg-config search path.
    Perhaps you should add the directory containing `freetype2.pc'
    to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
    No package 'freetype2' found
    Package freetype2 was not found in the pkg-config search path.
    Perhaps you should add the directory containing `freetype2.pc'
    to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
    No package 'freetype2' found
    configure: using Freetype and FTGL
    configure: creating ./config.status
    config.status: creating src/Makevars
    という感じです。
    freetype2が見つからないと出ました。
    以前local/bin/Rに入れていたときは、このようなエラーは出ませんでした。
    anaconda内にRを入れているせいなのかどうなのか、libraryのインストールがなかなかうまくいかない状況です。

    キャンセル

  • 2018/05/17 15:53

    解決したわけではありませんが、新たにRをダウンロードしてきて、/usr/local/bin/にインストールしました。
    localのRでrglを入れたところ、問題なくインストールできました。
    $ which r
    と打つと、
    /Users/username/anaconda3/bin/r
    が出てきますが、
    /usr/local/bin/R
    を立ち上げて、今のところ、問題なくパッケージのインストール、実行等、使えております。
    またanaconda内でrに依存性のあるスクリプトも(おそらくanaconda内のrが動いて)うまくワークしました。
    ありがとうございました。

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