Anaconda内のR、libraryの読み込みができない。

Question

Anaconda内にインストールしたRにrglというパッケージを入れたのですが、
library("rgl")
と読み込もうとすると、以下のようなエラーで、読み込みができません。

エラー: package or namespace load failed for ‘rgl’:
.onLoad は loadNamespace()（'rgl' に対する）の中で失敗しました、詳細は:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so' を読み込めません:
dlopen(/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: @rpath/libintl.9.dylib
Referenced from: /Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl/libs/rgl.so
Reason: image not found

rglを入れる際にも、R内でのinstall.packages("rgl")では、httpuvやmimeなどrglに依存するpackagesの読み込みがうまくいかず、結局、ターミナルから
conda install -c r r-rgl
で入れました。
問題はどこにありますでしょうか？
PATHに問題があるように思うのですが、どこにどのように設定すべきでしょうか？
すみませんが、よろしくお願いします。

Answer 1

anacondaのことは詳しく知りませんが、エラーメッセージを見る限り、Rのライブラリやpath設定の問題以前にrglのライブラリがうまくインストールされていないように見えます。まずはそこからやり直してみるべきでしょう。

Comments

[Moriq]

回答ありがとうございます。
もう一度、rにてinstall.packages("rgl")を入力し、インストールしてみましたが、
* installing *source* package ‘rgl’ ...
** パッケージ ‘rgl’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました
checking for gcc... clang
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether clang accepts -g... yes
checking for clang option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... clang -E
checking for gcc... (cached) clang
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether clang accepts -g... (cached) yes
checking for clang option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking for libpng-config... yes
configure: using libpng-config
configure: using libpng dynamic linkage
checking for X... libraries , headers /usr/X11/include
checking for glEnd in -lGL... no
configure: error: missing required library GL
ERROR: configuration failed for package ‘rgl’
* removing ‘/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl’
* restoring previous ‘/Users/username/anaconda3/lib/R/library/rgl’

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
‘/private/var/folders/w3/qnhnps912mx5m93rrt8_26lh0000gn/T/RtmpXysrH2/downloaded_packages’
'.Library' 中のパッケージの HTML 索引を更新します
Making 'packages.html' ... 完了
警告メッセージ:
install.packages("rgl") で:
パッケージ ‘rgl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

というエラーが出ました。

今度はターミナルにて、
$ conda install -c r r-rgl
Solving environment: done

# All requested packages already installed.

と表示さえ、うまくインストールされているように見えます。

Rで再度、library("rgl")としましたが、質問と同じエラーが表示されます。
どこに問題がありますでしょうか？
すみませんが、よろしくお願いいたします。

[KojiDoi]

Rのパッケージはインストールできているかもしれませんが、rglのライブラリがインストールには失敗しているわけです。さらにみるとmissing required library GLと言われていますから、まずGLのインストールが必要でしょう。これらはRとは別ものです。condaのチェック機能がどういう仕様になっているか知りませんが、万全ではないということでしょう。

[Moriq]

回答ありがとうございます。
素人質問で申し訳ありません。
GLとは何でしょうか？グーグルで色々調べましたが、わかりませんでした。
インストールは、どのように行ったら良いでしょうか？

私の使用している環境は
OS: mac OS High Sierra 10.13.4
AnacondaはPython3.6用のもので、その中に、/Users/username/anaconda3/bin/r
でR: 3.4.1が入っております。

よろしくお願いします。

[KojiDoi]

macosユーザではないので細かいことは判りませんが、ググったら次のようなのが見つかりました。
http://d.hatena.ne.jp/peccu/20120831/rgl
いずれにせよ、anacondaのことはいったん忘れて、こちらのライブラリを何とかしたほうがいいと思います。

[Moriq]

回答ありがとうございます。
http://d.hatena.ne.jp/peccu/20120831/rgl
に従って、GLの場所を指定して、rglをインストールしようとしましたが、GLはクリアしたものの、また別のところでエラーが出てしまいました。
行ったことは、
$ locate GL/gl.h
/opt/X11/include/GL/gl.h
$ locate libglut
/opt/X11/lib/libglut.3.dylib
/opt/X11/lib/libglut.dylib
でしたので、Rのコンソールで
> install.packages("rgl", configure.args="--disable-cocoa --with-gl-includes=/opt/X11/include --with-gl-libs=/opt/X11/lib --with-x")
としたところ、
checking for gcc... clang
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether clang accepts -g... yes
checking for clang option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... clang -E
checking for gcc... (cached) clang
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether clang accepts -g... (cached) yes
checking for clang option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking for libpng-config... yes
configure: using libpng-config
configure: using libpng dynamic linkage
checking for X... libraries , headers /usr/X11/include
checking for glEnd in -lGL... yes
checking for gluProject in -lGLU... yes
configure: Darwin, so ensuring /opt/X11/bin is at the head of the PATH...
checking for pkg-config... yes
Package freetype2 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `freetype2.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'freetype2' found
Package freetype2 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `freetype2.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'freetype2' found
configure: using Freetype and FTGL
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
という感じです。
freetype2が見つからないと出ました。
以前local/bin/Rに入れていたときは、このようなエラーは出ませんでした。
anaconda内にRを入れているせいなのかどうなのか、libraryのインストールがなかなかうまくいかない状況です。

[Moriq]

解決したわけではありませんが、新たにRをダウンロードしてきて、/usr/local/bin/にインストールしました。
localのRでrglを入れたところ、問題なくインストールできました。
$ which r
と打つと、
/Users/username/anaconda3/bin/r
が出てきますが、
/usr/local/bin/R
を立ち上げて、今のところ、問題なくパッケージのインストール、実行等、使えております。
またanaconda内でrに依存性のあるスクリプトも（おそらくanaconda内のrが動いて）うまくワークしました。
ありがとうございました。