webpack で module.include を指定すると loader が動作しなくなります

Question

webpack で es6 で書かれたライブラリを babel しようとしています。

exclude: {
  include: /node_modules/,
  exclude: /path_to_library/
}

としても babel が実施されず、明示的に include をしようと

include: /path_to_library/

とした場合、指定してある loader が動作せず、モジュール解決のみになってしまいます。
(そのため、 jsx が解釈できないとのエラーが出る)

include 対象を node_modules にするなど試しましたが、何を指定しても loader が動作しなくなるようです。

以下を参考に試してみましたが、動作しません。

https://github.com/webpack/webpack/issues/1643
https://stackoverflow.com/questions/34623229/webpack-loaders-and-include

解決策をご教授頂けないでしょうか。よろしくお願いします。