anaconda内のRとlocalのRの併用

Question

前提・実現したいこと

anaconda3にすでにRをインストール済ですが、localでRを別にインストールしようと思っています。
というのもanaconda内にある解析ツール(mageck-vispr)がRに依存性があり、ツールと一緒にRがインストールされてしまったためです。
後から、localでRをインストールしても問題ないでしょうか？
その場合、anaconda内の解析ツールを使用する場合は、anaconda内のRで、通常はlocalのRを使用することは可能でしょうか？

現在の環境構築の前に、local Rが入った状態で、anaconda3にmageck-visprを入れたところ、anacondaにRがインストールされたものの、Rの部分でエラーが起きて、解析できませんでした。
その関係で、もう一度環境を構築しているところです。
よろしくお願いします。

発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

該当のソースコード

ソースコード

試したこと

ここに問題に対して試したことを記載してください。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Comments

[KojiDoi]

localでRを別にインストールしたい理由は何でしょうか。「ツールと一緒にインストール」されたRをそのまま使えばいいのでは？

Answer 1

追記です。
Anaconda内のRを使用していましたが、いろいろとエラーが発生しましたので、結局、localにR (/usr/local/bin/R)を入れました。ですので、localとanaconda内に2つRが入っていることになります（これが良いとは言えないと思うのですが、、、）。

$ which rを見ると、
/Users/username/anaconda3/bin/r
が出てきますが、
アプリケーションからlocalのRあるいは、R studioを立ち上げて、今のところ、問題なくパッケージのインストール、実行等、使えております。
心配していましたanaconda内に入っているrに依存性のある解析ツール(mageck-vispr)も（おそらくanaconda内のrが動いて）うまく走りました。

はじめは、local Rが入った状態で、anaconda内にRを入れると解析ツールがうまく走らなかったのですが、anacondaを先に入れて、その中に解析ツールとともにRをインストール、その後、local Rを入れると問題ないようです。
素人でよく分かりませんが、PATHの優先順位の問題でしょうか、とりあえず問題解決です。

Answer 2

ありがとうございます。
anacondaに入ったRにいくつかの問題があったので、localでRを入れようとしました。
おっしゃる通り、anaconda内のRの設定を変えることで、問題解決できました。

１つ目はRstudioでRを操作したかったことです。
これは
http://anytimebeta.hatenablog.jp/entry/2016/02/13/201845
で解決しました。

２つ目はRを立ち上げた時に、localeにエラーが出ておりました。
起動準備中です - 警告メッセージ:
1: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C
これは
http://bcl.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~jun/en/blog/160602-locale
で解決しました。

３つ目はR上で、install.packages()が、使えませんでした。
インターネットルーティンと出ていました。
こちらは
https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/4421#
に出ていた方法を試したところ、うまくいくようになりました。
conda install libssh2
conda install krb5