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anaconda内のRとlocalのRの併用

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Moriq

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 前提・実現したいこと

anaconda3にすでにRをインストール済ですが、localでRを別にインストールしようと思っています。
というのもanaconda内にある解析ツール(mageck-vispr)がRに依存性があり、ツールと一緒にRがインストールされてしまったためです。
後から、localでRをインストールしても問題ないでしょうか?
その場合、anaconda内の解析ツールを使用する場合は、anaconda内のRで、通常はlocalのRを使用することは可能でしょうか?

現在の環境構築の前に、local Rが入った状態で、anaconda3にmageck-visprを入れたところ、anacondaにRがインストールされたものの、Rの部分でエラーが起きて、解析できませんでした。
その関係で、もう一度環境を構築しているところです。
よろしくお願いします。

 発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

 該当のソースコード

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  • KojiDoi

    2018/05/06 13:39

    localでRを別にインストールしたい理由は何でしょうか。「ツールと一緒にインストール」されたRをそのまま使えばいいのでは?

    キャンセル

回答 2

check解決した方法

0

ありがとうございます。
anacondaに入ったRにいくつかの問題があったので、localでRを入れようとしました。
おっしゃる通り、anaconda内のRの設定を変えることで、問題解決できました。

1つ目はRstudioでRを操作したかったことです。
これは
http://anytimebeta.hatenablog.jp/entry/2016/02/13/201845
で解決しました。

2つ目はRを立ち上げた時に、localeにエラーが出ておりました。
起動準備中です -  警告メッセージ: 
1: Setting LC_COLLATE failed, using "C" 
2: Setting LC_TIME failed, using "C" 
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" 
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C
これは
http://bcl.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~jun/en/blog/160602-locale
で解決しました。

3つ目はR上で、install.packages()が、使えませんでした。
インターネットルーティンと出ていました。
こちらは
https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/4421#
に出ていた方法を試したところ、うまくいくようになりました。
conda install libssh2
conda install krb5

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追記です。
Anaconda内のRを使用していましたが、いろいろとエラーが発生しましたので、結局、localにR (/usr/local/bin/R)を入れました。ですので、localとanaconda内に2つRが入っていることになります(これが良いとは言えないと思うのですが、、、)。

$ which rを見ると、
/Users/username/anaconda3/bin/r
が出てきますが、
アプリケーションからlocalのRあるいは、R studioを立ち上げて、今のところ、問題なくパッケージのインストール、実行等、使えております。
心配していましたanaconda内に入っているrに依存性のある解析ツール(mageck-vispr)も(おそらくanaconda内のrが動いて)うまく走りました。

はじめは、local Rが入った状態で、anaconda内にRを入れると解析ツールがうまく走らなかったのですが、anacondaを先に入れて、その中に解析ツールとともにRをインストール、その後、local Rを入れると問題ないようです。
素人でよく分かりませんが、PATHの優先順位の問題でしょうか、とりあえず問題解決です。

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