Eclipseでサーバーで実行すると「サーバーに公開できませんでした。」と表示される

前提・実現したいこと

Eclipse(Neon 4.6)でMavenプロジェクトの開発を行っています。
以前まで「サーバから実行」で正常に起動できていたのですが、エラーが表示され実行できなくなってしまいました。

サーバーはデフォルトで存在するローカルホストのTomcat8.0を追加しています。
ビルドしてうまく行かなかったときに/.m2/repository　の中身を触りましたが、それが原因かどうかは不明です。

発生している問題・エラーメッセージ

公開が失敗しました
サーバーに公開できませんでした。
java.lang.IndexOutOfBoundsException
サーバー構成 C:\pleiades\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1\conf\server.xml (指定されたパスが見つかりません。) を公開できませんでした。
C:\pleiades\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1\conf\server.xml (指定されたパスが見つかりません。)

実際に「 C:\pleiades\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1\」のディレクトリは生成されているのですが、conf以下がありませんでした。

また、elipseのログファイルを確認すると次の内容が表示されていました。

!SUBENTRY 1 org.eclipse.jst.server.tomcat.core 4 0 2018-04-12 19:49:25.258
!MESSAGE サーバー構成 C:\pleiades\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1\conf\server.xml (指定されたパスが見つかりません。) を公開できませんでした。
!STACK 0
java.io.FileNotFoundException: C:\pleiades\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1\conf\server.xml (指定されたパスが見つかりません。)
at java.io.FileInputStream.open0(Native Method)
at java.io.FileInputStream.open(FileInputStream.java:195)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:138)
at org.eclipse.jst.server.tomcat.core.internal.TomcatVersionHelper.publishCatalinaContextConfig(TomcatVersionHelper.java:508)
at org.eclipse.jst.server.tomcat.core.internal.Tomcat80Configuration.publishContextConfig(Tomcat80Configuration.java:674)
at org.eclipse.jst.server.tomcat.core.internal.TomcatServerBehaviour.publishFinish(TomcatServerBehaviour.java:462)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.publish(ServerBehaviourDelegate.java:1011)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.publish(ServerBehaviourDelegate.java:774)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.Server.publishImpl(Server.java:3172)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.Server$PublishJob.run(Server.java:345)
at org.eclipse.core.internal.jobs.Worker.run(Worker.java:55)

試したこと

プロジェクトでクリーン、「mavenプロジェクトの更新」をしても変わりませんでした。
Eclipseを新しく入れ直し、プロジェクトもGitから取得し直しても同様の現象が発生しました。

また、同じサーバを選択して再度実行すると、下記のエラーが表示されます。

"ローカル・ホスト での Tomcat v8.0 サーバー のステータスを更新中..." 中に内部エラーが発生しました。
java.lang.IndexOutOfBoundsException

eclipseのログ

!ENTRY org.eclipse.wst.server.core 4 0 2018-04-12 19:51:50.348
!MESSAGE サーバーに公開できませんでした。
!STACK 0
java.lang.IndexOutOfBoundsException
at java.io.BufferedInputStream.read(BufferedInputStream.java:338)
at org.eclipse.jdt.internal.compiler.util.Util.getInputStreamAsByteArray(Util.java:500)
at org.eclipse.jdt.core.ToolFactory.createDefaultClassFileReader(ToolFactory.java:311)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.archive.JavaEEArchiveUtilities.isEJBArchive(JavaEEArchiveUtilities.java:909)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.archive.JavaEEArchiveUtilities.refineForJavaEE(JavaEEArchiveUtilities.java:615)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.archive.JavaEEArchiveUtilities.openArchive(JavaEEArchiveUtilities.java:377)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.archive.JavaEEArchiveUtilities.openBinaryArchive(JavaEEArchiveUtilities.java:297)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.componentcore.JavaEEBinaryComponentHelper$ArchiveCache.openArchive(JavaEEBinaryComponentHelper.java:612)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.componentcore.JavaEEBinaryComponentHelper.openArchive(JavaEEBinaryComponentHelper.java:470)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.componentcore.JavaEEBinaryComponentHelper.getUniqueArchive(JavaEEBinaryComponentHelper.java:422)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.componentcore.JavaEEBinaryComponentHelper.getArchive(JavaEEBinaryComponentHelper.java:415)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.componentcore.JavaEEBinaryComponentHelper.getJavaEEQuickPeek(JavaEEBinaryComponentHelper.java:98)
at org.eclipse.jst.j2ee.project.JavaEEProjectUtilities.getJ2EEComponentType(JavaEEProjectUtilities.java:273)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.common.exportmodel.JEEHeirarchyExportParticipant.isChildModule(JEEHeirarchyExportParticipant.java:42)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.GlobalHeirarchyParticipant.isChildModule(GlobalHeirarchyParticipant.java:41)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.FlatVirtualComponent.isChildModule(FlatVirtualComponent.java:367)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.FlatVirtualComponent.addUsedReferences(FlatVirtualComponent.java:305)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.FlatVirtualComponent.treeWalk(FlatVirtualComponent.java:235)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.FlatVirtualComponent.cacheResources(FlatVirtualComponent.java:188)
at org.eclipse.wst.common.componentcore.internal.flat.FlatVirtualComponent.fetchResources(FlatVirtualComponent.java:118)
at org.eclipse.wst.web.internal.deployables.FlatComponentDeployable.members(FlatComponentDeployable.java:227)
at org.eclipse.jst.j2ee.internal.deployables.J2EEFlexProjDeployable.members(J2EEFlexProjDeployable.java:267)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.ModulePublishInfo.fillCache(ModulePublishInfo.java:314)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.ModulePublishInfo.getDelta(ModulePublishInfo.java:396)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.ServerPublishInfo.getDelta(ServerPublishInfo.java:366)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.Server.getPublishedResourceDelta(Server.java:1578)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.getPublishedResourceDelta(ServerBehaviourDelegate.java:698)
at org.eclipse.jst.server.tomcat.core.internal.TomcatServerBehaviour.getPublishedResourceDelta(TomcatServerBehaviour.java:958)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.computeDelta(ServerBehaviourDelegate.java:874)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.publish(ServerBehaviourDelegate.java:909)
at org.eclipse.wst.server.core.model.ServerBehaviourDelegate.publish(ServerBehaviourDelegate.java:774)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.Server.publishImpl(Server.java:3172)
at org.eclipse.wst.server.core.internal.Server$PublishJob.run(Server.java:345)
at org.eclipse.core.internal.jobs.Worker.run(Worker.java:55)

どうすれば解決できますでしょうか？
宜しくお願いします。