paddingでずらしてはどうでしょう?
css
1.hoge{height:1000px;padding-top:1em;}
2#hoge1{background-Color:yellow;}
3#hoge2{background-Color:lime;}
4#hoge3{background-Color:aqua;}
HTML
1<div id="hoge1" class="hoge">
2<a href="#hoge1">1</a>
3<a href="#hoge2">2</a>
4<a href="#hoge3">3</a>
5</div>
6<div id="hoge2" class="hoge">
7<a href="#hoge1">1</a>
8<a href="#hoge2">2</a>
9<a href="#hoge3">3</a>
10</div>
11<div id="hoge3" class="hoge">
12<a href="#hoge1">1</a>
13<a href="#hoge2">2</a>
14<a href="#hoge3">3</a>
15</div>
追記
もうちょっと突っ込んで、ようはheaderが固定でおいてあって
本文が隠れるのがいやなんですよね?
CSS
1body{padding:0px;margin:0px;}
2#wrap{position:relative;}
3#header{background-Color:gray;color:red;position:fixed;height:1.5em;width:100%;}
4.hoge{height:1000px;padding-top:1.5em;}
5#hoge1{background-Color:yellow;}
6#hoge2{background-Color:lime;}
7#hoge3{background-Color:aqua;}
HTML
1<div id="wrap">
2<div id="header">header</div>
3<div id="hoge1" class="hoge">
4<a href="#hoge1">1</a>
5<a href="#hoge2">2</a>
6<a href="#hoge3">3</a>
7</div>
8<div id="hoge2" class="hoge">
9<a href="#hoge1">1</a>
10<a href="#hoge2">2</a>
11<a href="#hoge3">3</a>
12</div>
13<div id="hoge3" class="hoge">
14<a href="#hoge1">1</a>
15<a href="#hoge2">2</a>
16<a href="#hoge3">3</a>
17</div>
18</div>