ドライバのプロファイルであらかじめ設定しておけば、ダウンロード時に保存確認のダイアログを出さずに指定フォルダに保存できます。
サンプルコードを書きますので参考にしてみてください。
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//プロファイル生成
FirefoxProfile profile = new FirefoxProfile();
//ダウンロードファイルの保存先指定 0:デスクトップ 1:ダウンロードフォルダ 2:ダウンロードに指定された最後のフォルダ
profile.setPreference("browser.download.folderList", 0);
//ダウンロードファイルの保存先が指定済みならその設定を有効にする
profile.setPreference("browser.download.useDownloadDir", true);
//指定したMIMEタイプ(ここではzip形式)は確認ダイアログ無しで強制ダウンロードする
profile.setPreference("browser.helperApps.neverAsk.saveToDisk", "application/zip;");
//設定したプロファイルでドライバを生成
FirefoxDriver wd = new FirefoxDriver(profile);
<MIMEタイプの例>
テキスト(.txt)・・・"text/plain"
PDF(.pdf)・・・"application/pdf"
PNG画像(.png)・・・"image/png"
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その他は"MIMEタイプ"で検索すると出てくると思うので、調べてみてください。
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