SSDを追加した後昔使っていたHDDさした途端PCの動作が重くなります

実現したいこと

2台の外付けHDD（電源はタップ方式）とUSBメモリ型のSSDの計3つの記憶メディアを併用したい

ここに実現したいことを箇条書きで書いてください。

▲▲機能を動作するようにする

先日1TBの外付けSSD（バッファロー製）を購入し、今まで使っていたHDD2台（E:IOデータ、F:バッファロー）を
挿したところ、PCの挙動がすごく重たくなりました。
具体的には起動に3分、デスクトップで新規フォルダを作る、既存のファイルのプロパティを表示する、などの行動をとると
数十秒から１分ちかくかかるようになってしまいました。

その時の状況を詳しく書きますと、今までE（IOデータ）,F（バッファロー）だったものがSSDを挿したことにより読み込み順の
せいか、E,Fが後ろにずれこんでSSDがEになり、IOデータHDDがFに、バッファローHDDがGになりました。
このままだとショートカット全般が使えなくなる為、プロパティからアルファベットを変更し、今ではE（IOデータ）
F（バッファロー）G（外付けSSD）となっています。
ところがその時点からEドライブがおかしくなり、マイコンひらいてもローカルディスク（F)←当時はアルファベットいじってなかったのでE
に容量が表示されなくなり、左クリックでアクセスしようとしたところパラメーターが間違っています。とのエラーがでるようになりました。

故障かな？と思い家族のPCでE（IOデータ）を読み込んだところ故障の様子もないのに、自分のPCに接続すると上記エラーがでるように。

その後E（IOデータ）にchkdskをかけたところいくつかの不良セクタが修復され、動作も左クリックしてもきちんとファイル開けるし
OSの動作も快適に戻ったし（ファイル作成やプロパティの表示時間など）マイコンでみても通常通り空き容量○○/○○GB/○○GBと
ちゃんと表示されるようになりました。

前置きが長くなりましたが、問題はここからで先日PCの電源落とすまではEドライブ快適に動くようになっていたのですが、
今日電源を入れるとまたPCの動作が不安定になりました。
マイコンでの表示は今回はキチンとしており空き容量○○/○○GB/○○GBと表示はされています。

USBポートのせいか？と思い、問題の切り分けの為にそれぞれのHDD、SSDの接続、脱着を繰り返したところIOデータ（F:)のHDDを挿すと動作不良が起こるようです。

先日まで快適だったものがどうしてこうなったのか原因がわかりません。コードの破損ならデータ起動などに影響でるだろうし・・・