MySQL利用時、Timer-0が発生する

Question

前提

Springを利用しています。
Timerを利用し、5分に一度DBの更新処理を走らせているのですが、タイミングの問題かTimer-0が発生することがある。

実現したいこと

Timer-0発生の原因の特定と修正を行いたい

発生している問題・エラーメッセージ

Exception in thread "Timer-0" org.mybatis.spring.MyBatisSystemException: nested exception is org.apache.ibatis.exceptions.PersistenceException:
### Error updating database.  Cause: org.springframework.jdbc.CannotGetJdbcConnectionException: Failed to obtain JDBC Connection; nested exception is com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure

The last packet successfully received from the server was 2 milliseconds ago.  The last packet sent successfully to the server was 2 milliseconds ago.
### Cause: org.springframework.jdbc.CannotGetJdbcConnectionException: Failed to obtain JDBC Connection; nested exception is com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure

The last packet successfully received from the server was 2 milliseconds ago.  The last packet sent successfully to the server was 2 milliseconds ago.
        at org.mybatis.spring.MyBatisExceptionTranslator.translateExceptionIfPossible(MyBatisExceptionTranslator.java:79)
        at org.mybatis.spring.SqlSessionTemplate$SqlSessionInterceptor.invoke(SqlSessionTemplate.java:447)
        at com.sun.proxy.$Proxy26.update(Unknown Source)
        at org.mybatis.spring.SqlSessionTemplate.update(SqlSessionTemplate.java:295)
        at org.apache.ibatis.binding.MapperMethod.execute(MapperMethod.java:62)
        at org.apache.ibatis.binding.MapperProxy.invoke(MapperProxy.java:59)
        at com.sun.proxy.$Proxy34.update(Unknown Source)
        at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor208.invoke(Unknown Source)
        at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
        at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
        at org.springframework.aop.support.AopUtils.invokeJoinpointUsingReflection(AopUtils.java:343)
        at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.invokeJoinpoint(ReflectiveMethodInvocation.java:197)
        at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:163)
        at org.springframework.aop.framework.adapter.MethodBeforeAdviceInterceptor.invoke(MethodBeforeAdviceInterceptor.java:52)
        at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:185)
        at org.springframework.aop.aspectj.AspectJAfterAdvice.invoke(AspectJAfterAdvice.java:47)
        at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:185)
        at org.springframework.aop.interceptor.ExposeInvocationInterceptor.invoke(ExposeInvocationInterceptor.java:92)
        at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:185)
        at org.springframework.aop.framework.JdkDynamicAopProxy.invoke(JdkDynamicAopProxy.java:212)
        at com.sun.proxy.$Proxy35.update(Unknown Source)

試したこと

wait_timeout値の変更

MySQL [lmdb]> show global variables like '%wait%';
+---------------------------------------------------+----------+
| Variable_name                                     | Value    |
+---------------------------------------------------+----------+
| aurora_globaldb_rpo_wait_timeout                  | 60       |
| innodb_lock_wait_timeout                          | 50       |
| innodb_spin_wait_delay                            | 6        |
| lock_wait_timeout                                 | 31536000 |
| performance_schema_events_waits_history_long_size | 0        |
| performance_schema_events_waits_history_size      | 0        |
| wait_timeout                                      | 300      |
+---------------------------------------------------+----------+

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

MySQL5.7.12
mysql-connector-java　5.1.43

よろしくお願いいたします。

Comments

[AbeTakashi]

MySQLのバージョンが5.7系にしても5.7.12はさすがに古すぎる気がしますし、何かのバグを踏んでるのでは？という気がします。この手のエラーはサーバー側、クライアント側のバージョンを上げることで回避できる可能性がありますが、そのあたりは厳しいのでしょうか？ 5.7系なら5.7.41まで上げちゃうのがベストな気がします。

[miyasho]

MySQLのバージョン系エラーの可能性ですか...ありがとうございます。検討してみます。