回答編集履歴
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構造説明
test
CHANGED
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@@ -1,2 +1,7 @@
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GPSのNMEA伝文だけでやっているなら、RS232CとかUSBの伝送遅延があるからでは？
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固定的ならOffset入れて調整するか、PPSを入れて秒の切り替わりはそっちで判断させるとか。(PPSはなんらかのハード対応がないとPCには接続できませんけどね。)
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＜追記＞
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このGPSモジュールは、RS-232Cで伝文を出す本体ユニットと、USB変換チップが内蔵されている構造です。こういうので時刻同期するのには問題は複数あります。
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・GPSモジュールは正秒(4Hzなら正1/4秒)のタイミングで伝文を出してくれるのか
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・GPSモジュール側が正秒で送信を決心したとして、そこから9600bpsな232cの伝送遅延があって、232c・USB変換器の遅延があって、USBでPCに入ってきて、Linuxが/ntpdが受信したという認識するまで遅延はいくつで、固定的か？（あるいは別の伝文を送っている最中で、時刻の送信が遅れるとかがあるか？）
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