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  私の感触では、Linuxのシェルスクリプト(bash等)のWindows版と捉えていて、シェルスクリプト自体にはセキュリティの概念は特に無いので(Linux自体にファイルのアクセス権とかはありますが)、特に気にせず使えばいいんじゃない？　むしろ標準でセキュリティの概念があるだけより安全では？と直感的には感じます。(実際は、Windowsの方が攻撃しやすいとかで、全く同リスクとは言えないと思いますが。)

  社内全体のアレルギーが強いとか、リテラシーが低いとかの感触がおありなら、それに合わせるか、彼らのレベルで安心できるくらい情報を集め、体感することで説明が出来るのではと思います。社内への説明となると本当にケースバイケース過ぎて、ご自分で納得出来るまで調べて使うしかないと思います。