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Windowsでサーバを構築してる事例もいっぱいあります。Microsoft SQL Serverを使いたいなら必然的にWindowsになるかと思いますし、MySQLなどを使うならLinuxに移行することも可能だと思います。Linuxの方が直接的なコストが低くなる可能性が高いと思いますが（というかWindowsで構築したら費用やラニングコストはそこそこ高くなると思います）、学習コストなどの間接コストを考えればそんなに差はないのかもしれません。その辺はご自身で判断するべきかと思います。
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https://www.microsoft.com/ja-jp/windows-server/pricing
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https://www.microsoft.com/ja-jp/windows-server/pricing
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https://azure.microsoft.com/ja-jp/pricing/details/virtual-machines/windows/
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