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  しかしもし (JUnit か SpringBoot か)何かが SampleThreadTest のスレッドが終わったら(System.exit を呼ぶ等で)プロセスも終わるようにしていたら、質問のような現象になりそうです。

 

  そも、スレッドを放置しておいて最後まで動くことを期待するのは、良いやり方では無いと思います。