回答編集履歴
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eclips利用に関する所感を追記
test
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eclipseで
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eclipseで開発環境を構築した経験はないのですが、NetBeansを使うとスムーズに入れるような気がします。
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以下コンテンツが参考になると良いのですが。
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[JavaEEをはじめよう！](http://qiita.com/tkxlab/items/3c0d4073defacb1215f5)
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[わかりやすいJPA](http://k-webs.jp/javaindex/post-1148)
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JavaEE6以降で開発を行う場合、eclipseの参考書やtipsはNetBeansに比べて少ないように思えます。
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NetBeansの場合、コンテナ（glassfish）など一括インストールして使い始めることができるので始めやすいメリットは有るかと思います。eclipseを使う事情もあるかと思いますが、一考されてみてはどうでしょうか。
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