回答編集履歴
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まず、
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まず、マルチ・スレッド・プログラムで書き込みを行う場合がある変数は、書き込みと読み出しの両方ともmutexなりatmicなりで保護するべきです。
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std::atmicの実装を見たことはないですが、intなら元々アトミックなCPUが多いので、そのようなCPUなら保護をわざわざかけていないことを期待できます。それを期待する場合はmw保護を外してyをstd::atmic_intにするのが好ましいと思います。
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逆にそれを期待しないのならば、mutexによる保護の回数を減らすために、全部１つのmutexで保護してしまい、std::atmic_intしないのが好ましいと思います。
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【補足】
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書き方がちょっとまずかったようですので補足します。
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まず、複数のスレッドにおいて書き込みを行う場合がある変数は、書き込みと読み出しの両方ともmutexなりatmicなりで保護するべきです。
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さて、std::atmicでどのようにして「アトミック」にアクセスできるよう保護されているのか、考えておく必要があります。複数回に分けてアクセスされるメモリを確定的に保護する場合、mutex等による排他制御が必要です。そして、一般にmutexが最も軽いと言われています。なのでstd::atmicの実装もmutexを使っている筈です。つまり、どちらを使っても性能的には大差ないです。
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ただし、元々アトミックにアクセスされる型なら改めてmutexにより保護する必要はないですから、処理系はmutex保護を省略する実装になっている筈です。なので効率は上がります。（そのためのstd::atmicと思います。でなければ毎回mutexで保護する効率の悪いstd::atmicなど必要性は低いですから。）
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しかし、同時に複数の変数をstd::atmicで保護した場合、それがアトミックにアクセスされない型なら、それぞれが別途mutex等の保護下にはいるため、効率は落ちます。
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慎重に見極めないと性能は劣化します。
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そして、int型はアトミックにアクセスされる処理系がほとんどでしょうから、std::atmic_intは積極的に使っていってよいと思います。
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