回答編集履歴
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ユーザ環境のrbenvでrubyを使用しているようなのでsudoは付ける必要ないです。
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sudoで実行して作成されたファイルがあるようなので、以下のコマンドでファイルの所有権を自分に戻しておいてください。
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$ sudo chown -R $USER:$USER ~/.rbenv ~/.gem
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ユーザ環境のrbenvでrubyを使用しているようなのでsudoは付ける必要ないです。
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gemの中にはrubyスクリプトだけでなくC言語での実装を含むものがあり、gemのインストール時にコンパイルを行っています。以下のメッセージはコンパイルを行う時に表示されます。(ネイティブ拡張=C言語実装のライブラリをビルドしています。C言語でないものもあるかもしれませんが、あまり詳しくないので。)
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