回答編集履歴
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文章を修正いたしました。
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▼ Elastic Beanstalkにwarをデプロイした後、EC2のサーバのセキュリティはどうなるのでしょうか？
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EC2管理画面のセキュリティグループ（ファイアーウォール）の設定が反映されます。
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ちなみにPHPのコンテンツを公開する時にElastic Beanstalk（以降、EB）を使ったことがあるのですが、デプロイ時にEBのオートスケールに設定してるAMIをベースにEC2が再作成されるので、EC2が立ち上がるのに結構時間が掛った記憶があります。もちろんその間はサービスが停止します。あと、コンテンツ更新のタイミングで必ずAMIを取得して、オートスケールの設定へ反映させないとコンテンツの更新がされてない状態とか先祖返ってる状態になりますので気を付けてください。あまりいい思い出がありません。。。確かに5分ほどのオペレーションでアプリケーションの実行環境を作れるのは魅力ではあるのですが。。。
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ちなみに、PHPのコンテンツを公開する時にElastic Beanstalk（以降、EB）を使ったことがあるのですが、デプロイ時にEBのオートスケールに設定してるAMIをベースにEC2が再作成されるので、EC2が立ち上がるのに結構時間が掛った記憶があります。その間サービスは停止します。
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また、コンテンツ更新のタイミングで必ずAMIを取得してオートスケールの設定へ反映させないとコンテンツの更新がされてない・先祖返ってる状態になります。
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あと、データベースはEBを使って構築せずにAmazon RDS等の他のデータベースサービスを使って構築しないとデプロイ時にデータベースも再作成されデータが消失します。
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以上のことから、個人的にEBにはあまりいい思い出がありません。。。確かに5分ほどのオペレーションでアプリケーションの実行環境を作れるのは魅力ではあるのですが。。。
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今だったら、Amazon EC2（WEBサーバ）・Amazon RDS（DBサーバ）を使って構築します。
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▼ Linuxを選択した場合/varの下に蓄積されていくログの管理は必要なのでしょうか？
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はい、必要です。前述しましたがスケールしたEC2は、AMI（Amazon Machine Images）をベースに起動しますので、『AMIを取得した日時』～『オートスケールした日時 or デプロイした日時』の間のログは消失しますので、アプリのログ以外にもWEBミドルウェアのログ（Apache・Nginx）等、必要なログはAmazon S3上に保存するように設定したほうが宜しいかと思います。
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▼ VPSを借りてLinuxサーバを運用したことはあるのですが、AWSは料金が青天井？なので怖くて使った事がありません。
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→ AWSは、他社クラウドサーバと比較して利用料金は高いですがインフラを構築する時間が短縮でき、
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オートスケール対応かつ技術情報が多いので採用されることが多いのだと思います。
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