回答編集履歴

- jdkバージョン1.6でJava SEに含まれるJAXB関連クラスで、javax.xml.bind.DatatypeConverterを使ってみるのはどうでしょう。

- APIのリンクを参考にしてみてください。

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- parseBase64Binary()について：

- [http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#parseBase64Binary%28java.lang.String%29](http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#parseBase64Binary%28java.lang.String%29)

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- printBase64Binary()について

- [http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#printBase64Binary%28byte%5b%5d%29](http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#printBase64Binary%28byte%5b%5d%29)