回答編集履歴
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test
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jdkバージョン1.6でJava SEに含まれるJAXB関連クラスで、javax.xml.bind.DatatypeConverterを使ってみるのはどうでしょう。
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APIのリンクを参考にしてみてください。
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parseBase64Binary()について：
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[http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#parseBase64Binary%28java.lang.String%29](http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#parseBase64Binary%28java.lang.String%29)
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http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#parseBase64Binary%28java.lang.String%29
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printBase64Binary()について
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[http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#printBase64Binary%28byte%5b%5d%29](http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#printBase64Binary%28byte%5b%5d%29)
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http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/DatatypeConverter.html#printBase64Binary%28byte%5b%5d%29
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