回答編集履歴
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誤認識があったところの修正
answer
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@@ -3,6 +3,6 @@
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> 比較を行いたいファイルがサーバー側(windowsまたはlinux)にあること
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とネットワーク越しのアクセスがあります。そのことから、実行環境をコマンドプロンプトよりはPowerShellを使うようにした方がいいと思います。
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コマンドプロンプトは「DOS窓」と呼ばれることもあるように、MS-DOSの延長上にあるものです。MS-DOSはその名が示す通り、（動作しているPCの）ディスクにあるファイルを管理対象とします。したが
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その点、PowerShellは現状に合わせて設計されているだけあって、そういった手間が必要ありません。UNC形式（\\<サーバー名>\<公開ディレクトリ>という形式）でアクセスすることが可能です（つまり、マウントする必要がありません）。また、バッチファイルやWSH、PowerShellスクリプトも使用できます。
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コマンドプロンプトは「DOS窓」と呼ばれることもあるように、MS-DOSの延長上にあるものです。MS-DOSはその名が示す通り、（動作しているPCの）ディスクにあるファイルを管理対象とします。ネット利用が当たり前となった現在ではネット上のリソースを直接指定してアクセスできるようにはなりましたが、一部のコマンド（例えばcdコマンド）では対応していないものもあります。そのためフルにコマンドプロンプトの機能を使用しようとする場合、（別マシンである）サーバー上にあるファイルにアクセスするためには、その公開ディレクトリを**「ドライブ」**としてマウントしてやる必要があります（使えるようにするためにちょっとした一手間かかるということですね。まあ、これは一度設定してしまえばよいというところもありますが）。
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その点、PowerShellは現状に合わせて設計されているだけあって、そういった手間が必要ありません。UNC形式（\\<サーバー名>\<公開ディレクトリ>という形式）でアクセスすることが可能です（つまり、マウントする必要がありません）。また、バッチファイルやWSH、PowerShellスクリプトも使用できます。マイクロソフトとしてもPowerShellは推していますので（ついこの間もオープンソース化しましたし）、コマンドプロンプトから移行しても差し支え無いと思います。
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（まあ、PowerShellスクリプトについては習熟コストが掛かってしまいますが）
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