回答編集履歴
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> カーネルをいじれる、システムやツールのエラー・不具合を治せる、サーバ構築等ができるようになるには
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> カーネルをいじれる、システムやツールのエラー・不具合を治せる、サーバ構築等ができるようになるには何を勉強すべきでしょうか？
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他の回答者の方も書かれていましたが、範囲がちょっと広すぎるのではないかと思います。
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yu-ki000さんが差し当たりやりたいこと・目指したいことは何でしょうか？
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自分の中でゴールを決めて勉強をすれば、知識が身になりやすいと思います。
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仕事で覚えなくてはいけないのでしたら別ですが、自分の勉強としてやるのであれば、それを通じて自分の実益（？）になるテーマを見つけてはどうでしょうか。
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私自身も最初にUnixを勉強し始めた時は漠然とコマンドリファレンスを
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私自身も最初にUnixを勉強し始めた時は漠然とコマンドリファレンスを読んでいましたが、コマンドのオプションや機能をを覚えてもピンときませんでした。「それで？」って感じでした。
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そのうち自分で（自分の自由になる）メールサーバが欲しくなってそれに向けて勉強を始めました。
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Unixコマンド、tcp/ip、smtp・popプロトコル、プロダクトのコンパイルのやり方、エラー対処、目的が明確なので勉強の方向性にも迷いがありませんでした。
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目的意識があれば勉強も捗ると思います。最初は「１つの分からないことを調べた結果、
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目的意識があれば勉強も捗ると思います。最初は「１つの分からないことを調べた結果、分からないことが３つになった」なんてこともあると思います。（実体験）
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知識を得るのも最初はサイトやブログでいいと思います。
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勉強が軌道に乗ってくると、まとまった知識を得るには書籍のほうがいいと思えてきます。
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その時に初めて、どんな本を読めばいいのかを考えればいいのではないかと思うのです。
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