回答編集履歴
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追記
answer
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@@ -4,4 +4,22 @@
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SWAPが発生している場合はメモリ使用量が原因の可能性が高いです。psコマンドで確認可能。
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SWAPが発生していない場合は、ディスクIOの可能性が高いです。vmstatでシステムのIOを確認できます。
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プロセスを特定する方法はiotop, dstat, pidstat等で確認できます。
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これらのコマンドがない場合、/prod/<PID>/ioを確認し、rcharの値やwcharの値が多いPIDがそのプロセスです。
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これらのコマンドがない場合、/prod/<PID>/ioを確認し、rcharの値やwcharの値が多いPIDがそのプロセスです。
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以下、追記
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アクセスログの書式に %P を加えるとプロセスIDを記録します。
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PSで見て重そうなapacheのプロセスIDが居た場合、そのプロセスIDの該当するログに記載されているPHPが記録されます。
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LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\" %P" combined
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また、/procファイルシステムで、 /proc/<PID>/cwd がカレントワーキングディレクトリへのリンクとなるため、
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重い httpd プロセスが居た場合、そのプロセスIDを指定して ls /proc/<PID>/cwd してあげると、
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そのCWD配下のファイル一覧が表示されます。
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# ls /proc/1234/cwd/
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hoge.php
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