回答編集履歴
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追記
test
CHANGED
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unique_idはINTですか？VARCHARですか？それともTEXTですか？unique_idにINDEXは貼ってありますか？
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WHERE条件にTEXTのカラムを使うことや、INDEXの貼られていないカラムを使うと、レコード数が多ければ多いほど時間を食うようになります。
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###追記
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すみません、めっちゃ書いてありましたね…これらは当てはまらないかもしれません。
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