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[http://sqlfiddle.com/#!9/99f73/1](http://sqlfiddle.com/#!9/99f73/1)
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> hoge,fugaは空の場合もある
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のであれば、ワンクエリでの実現は難しそうですね。
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統合先のテーブルの`name`カラムにユニークインデックスが張ってある、または張ることが可能であれば、以下のSQL文で実現可能です。
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```sql
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START TRANSACTION;
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INSERT INTO YYY (id, name, hoge, fuga)
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SELECT id, name, data, NULL FROM XXX WHERE category = 'hoge';
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INSERT INTO YYY (id, name, hoge, fuga)
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SELECT id, name, NULL, data FROM XXX WHERE category = 'fuga'
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ON DUPLICATE KEY UPDATE fuga = data;
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COMMIT;
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[http://sqlfiddle.com/#!9/371ece/1](http://sqlfiddle.com/#!9/371ece/1)
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ちなみに、
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> 進捗が分かるように
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する最も手っ取り早い方法は、1つ目のINSERT文と2つ目のINSERT文の間に適当なメッセージを出力してやることでしょうか。
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さらに細かく進捗を表示したい場合は、SELECT構文にWHERE句を追加し、idを適当な範囲で区切ってINSERTを繰り返す方法が考えられます。
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ただし、それだけ実装が複雑になりますので、どこまでやるかはコスト（とリスク）とメリットを比較して判断してください。
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なお、この方法でデータを統合する場合、`XXX`テーブルの`category`カラムにインデックスを張ると、速度の改善が期待できます。
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`SELECT-INSERT`文の`SELECT`時に、インデックスが利用できるからです。
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