回答編集履歴

  そのため移動前のページのjavascriptの変数であるindexは消えてなくなります。

  indexの値が戻るのではなく、増えたけど別ページに移動してしまって変数自体が消えてしまい、新たに同名の変数ができたという流れです。

  修正案としてはフォームでindexの値も送信して、PHPでtest.jsの読み込みより後にindexの値を上書きするようなjavascriptを書くことでしょうか。