回答編集履歴
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Pythonに理解があるなら、Webフレームワーク（例えばDjango、Pyramid、Flask）の特徴を比較して一つに絞って学習をすすめるのが良さそうに思います。
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Apacheに関しては設定変更したいことをネット検索にかければ参考事例がありますし。
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LinuxやApacheに関しては設定変更したいことをネット検索にかければ参考事例がありますし。
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MySQLについては、小さな事例から順に習得していくしかないでしょうか、Pythonでデータ管理ができるようであればそっちで済ませることもできるかもしれませんので、こちらも後回しでいいかも。
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MySQLというかSQLという言語がLL（Perl, Python, Rubyなどなど）と一線を画す世界なので、わからなければ面倒がらずにチュートリアルや初歩的な指南書を押さえると良いでしょう。
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